Свои обязанности защитника Церкви, веры и порядка Гонорий всегда выполнял добросовестно. В 1226 г., уже на пороге могилы, он убедил Людовика VIII Французского начать крестовый поход против альбигойцев, борьба с которыми фактически прекратилась после гибели победителя еретиков Симона де Монфора. В том же году, уже после смерти французского короля, он подал руку помощи регентше Бланке Кастильской и ее сыну Людовику IX, противостоявшим мятежным баронам, готовым раздробить Францию.
Поддержка и признание Гонорием «милиции Христа» положили начало формированию организации, основанной Домеником Гусманом для истребления ересей. Папа приказал выбрать один из монашеских уставов для основания религиозного монашеского ордена (11.2.1218) — знаменитого ордена доминиканцев, «псов Божьих». Орден объединял жестоких фанатиков, ставящих целью жизни уничтожение инакомыслящих. Таким образом, с одобрения «доброго» папы Гонория было положено начало деятельности печально известной инквизиции. Но он не успел дать прочную форму и устав для судебного порядка нового трибунала, и при нем инквизиция еще не зверствовала.
Гонорий не мог не позаботиться о близких. Папа возвратил Церкви Ареццо, чтобы передать в удел представителям своего дома. Савелии приобрели со времен Гонория III много имений вокруг озер Альбанского и Неми. Но эти пожалования не шли ни в какое сравнение с непотизмом пап эпохи Ренессанса.
По свидетельству Жака Витрийского, папа был добрый и религиозный старец, весьма простой и благожелательный, растрачивающий все состояние на нищих.
Откуда же тогда возникло мнение о Гонорий III как о могущественном чародее? Более того, современники считали, что он затеял дело с инквизицией для того, чтобы избавиться от конкурентов. Возможно, такие слухи пошли из-за покровительства, которое папа оказывал великому Майклу Скотту (ок. 1180 — ок. 1235) — ученому-схоласту, философу и математику, придворному астрологу императора Фридриха II. По словам современников, Скотт
Гонорию III не привелось дожить до времени, когда его строптивый питомец Фридрих II вернул христианам иерусалимские святыни. Папа умер весной 1227 г. от естественных причин. После смерти Гонория на римский престол был избран кардинал Конрад, однако он отказался от тиары в пользу кардинала Уголино.
Григорий IX (ок. 1141–19.31.227–22.8.1241), племянник Иннокентия III, в миру звался Уголино де Сеньи. Он был весьма ученым и образованным прелатом. Обучаясь в Парижском и Болонском университетах, Уголино с горячностью отдавался постижению занимавших его ум правовых дисциплин и теологии. По окончании учения он стал каноником церкви Санта-Мария ди Рено, затем папским капелланом и аудитором. С восшествием на папский престол его дяди, папы Иннокентия III, Уголино был возведен в достоинство кардинала-диакона, затем получил должность архипресвитера собора Св. Петра в Риме. В 1206 г. папа пожаловал ему достоинство кардинала-епископа Остии и Веллетри. Кардинал Уголино являлся ближайшим помощником Иннокентия III и выполнил ряд важных дипломатических миссий: в 1207 и 1209 гг. был направлен в качестве легата в Германию, чтобы разобраться в борьбе за императорский престол претендентов Отгона IV Вельфа и Филиппа Швабского, сына Фридриха I Барбароссы.
После смерти Иннокентия III кардинал Уголино способствовал избранию новым папой Гонория III, при котором также выполнял функции легата чуть ли не во всех городах Италии, где со свойственным ему пылом добивался поддержки нового крестового похода и заключения мира между коммунами. Выдающиеся личные качества и авторитет способствовали избранию его деканом коллегии кардиналов.
Высокородный граф Сеньи был тверд, бескомпромиссен, энергичен, страстен и обладал несомненным политическим даром. Человек умный и просвещенный, он славился чистотою своей жизни. Имя Григорий было принято им с намерением руководствоваться в своей деятельности заветами Григория VII.