Как и дядя, он был знатоком церковного права и соединял в себе теории великого родственника с настроениями пламенного и мрачного фанатика чистоты католической веры св. Доминика. По характеру политики Григорий IX был полной противоположностью своему предшественнику Гонорию III. Тот даже в делах ереси желал действовать «более убеждением, чем строгостью». Гонорий, правда, иногда произносил отлучения, но с готовностью снимал их; они никогда не служили в его руках орудием угнетения и насилия. Григорий был не таков: он не остановился бы ни перед какими насильственными мерами для торжества воинствующей Церкви. В его душе горело пламя того же огня, что и у Доминика; оно закаляло природную твердость его характера и делало его непреклонным и вызывающим, вплоть до проявления самого крайнего упорства, когда ему противоречили.
При этом его ум не был односторонним. Наряду с уважением Доминика Гусмана он почитал и кроткого Франциска Ассизского, проповедника простоты апостольской жизни. Еще в бытность кардиналом Григорий стал первым протектором ордена францисканцев, взял под опеку основанный Кларой Ассизской орден Кларисс и отстаивал независимость францисканских общин от местных епископов. Папа закрепил за собой исключительное право канонизации и в 1228 г. провозгласил святым Франциска Ассизского (булла «Mira circa nos»), в 1234 г. — Доминика Гусмана (булла «Fons sapientiae Verbum»), признал святыми Антония Падуанского и Елизавету Тюрингскую. Культ этих святых пользовался в Средневековье необычайной популярностью.
Покровительствуя развитию университетов, Григорий разрешил изучение Аристотеля, особенно в Парижском университете, которому буллой «Parens scientiarum» (1231) даровал право на автономию и различные привилегии. В 1234 г. папа утвердил пять книг декреталий, дополнявших Декрет Грациана и составивших часть канонического свода Католической церкви — «Corpus juris canonici», — действовавшего до 1917 г.
В характере этого гордого и неуступчивого старика было мало места мягким человеческим чувствам. Он посвятил себя беспощадному противоборству с любыми новшествами, которые стали появляться в католическом мире. В силу эдиктов Григория IX выслеживание еретиков становилось высшей обязанностью гражданина; каждый публичный или частный разговор о каком-нибудь догмате наказывался отлучением, как за преступление. Григорий так закалился в этой борьбе, что сделал своей страстью истребление инакомыслящих. Железный старец обладал несокрушимой энергией, и годы только закалили его религиозный фанатизм и развили деспотическую жестокость.
При вступлении на папский престол он преследовал две цели. И та и другая были одинаково дороги ему: поднять императора Фридриха против сарацин Святой земли и короля французского — против еретиков-альбигойцев.
Один из авторов инквизиции, он с нечеловеческой жестокостью пустил в ход свое любимое детище, и с 1233 г. закрепил повсеместное распространение трибуналов, массами сжигая еретиков. Отыскание и уничтожение инакомыслящих объявлялось главной обязанностью светской власти; еретики передавались ей для казни или тюремного содержания. Буллой 1239 г. Григорий предписал всем правителям христианского мира изымать у евреев экземпляры Талмуда.
Встретив сопротивление императора Фридриха II, он поставил главной задачей папского государственного искусства искоренение могущества Гогенштауфенов.
Ни один император не был столь близок к созданию единого германо-итальянского королевства, как Фридрих II, неограниченный монарх Сицилии. Но в лице нового понтифика император нашел достойного противника. Близко зная Фридриха и не доверяя ему, Григорий был готов на крайние меры.
Исполняя обещание, данное еще Гонорию III, Фридрих отправился наконец в Святую землю на корабле из Бриндизи, но почти сразу вернулся из-за внезапно вспыхнувшей эпидемии. Папа, не слушая объяснений, отлучил его от Церкви и проклял как безбожника и клятвопреступника. Сама манера, в которой папа заклеймил тяжелобольного и отверг предложенное церковное покаяние, позволяла понять, что речь шла не о крестовом походе, а об ощутимом унижении ставшего слишком могущественным императора.
Властолюбием, нетерпимостью, неприкрытой ненавистью к императору Григорий сам толкнул оппозицию к созданию сильной антипапской партии. В нее вошли представители наиболее влиятельных аристократических фамилий Рима. Фридрих перестал ограничивать себя в средствах борьбы. Он отменил акты, согласно которым Римской церкви были уступлены Анконская марка и владения Матильды. По его наущению гибеллинская партия, руководимая семьей Франджипани, подняла бунт в Риме. На Пасху 1228 г. Григорий IX, оскорбленный толпой в храме Св. Петра, вынужден был бежать из города и нашел приют в Перудже.
Не озаботившись согласовать действия с Папской курией, Фридрих возобновил экспедицию в Св. землю на следующий год.