Не без оснований папа опасался, что хищные северяне будут угрожать правам св. Петра в Беневенто.
Зимой 1050/51 гг. Лев отправился в Германию с целью обсудить итальянские дела с императором. На встрече в Вормсе он убеждал того, что столкновение с нормандцами, которые грозили захватить Южную Италию, неизбежно.
В 1052 г. в Рим прибыло посольство из Венгрии с просьбой к папе стать посредником в мирных переговорах с императором. Имея в виду эту цель, Лев отправился в третью поездку по Европе. И снова он не смог убедить Генриха поступить согласно его совету и отказаться от войны с венграми. Император повторил прошлогоднее вторжение. Преодолев множество затруднений, немецкое войско подошло к Пресбургу, два месяца осаждало его и ушло, ничего не добившись.
Генрих неохотно предоставил папе армию для борьбы с нормандцами, но и она была отозвана раньше, чем достигла границ Италии, и Льву пришлось набирать войско самостоятельно. К счастью, при нем был его секретарь и библиотекарь Фридрих, брат герцога Лотарингского, и этот рыцарственный священнослужитель сумел призвать под папские знамена семьсот обученных швабских пехотинцев, которые стали основой будущего войска.
Союз с вероломными греками оказался непрочным. Когда 17 июня 1053 г. около городка Чивитате папская армия встретилась с нормандской дружиной, византийские войска не пришли к ней на помощь. Стоя на крепостных валах Чивитате, папа видел, что половина его армии позорно бежала, другая — безжалостно вырезана. Поражение было полным. Но неожиданно нормандцы оказались под воздействием личности папы. Перед лицом этого печального гордого человека воины-разбойники почувствовали себя побежденными. Упав на колени, свирепые бойцы умоляли папу простить их. Однако минута благоговения миновала, и папа почти на год оказался почетным пленником в Беневенто. Его потребности полностью удовлетворялись, и он мог исполнять духовные обязанности, но не был свободен в своих действиях.
Лев понял, что у него не осталось иного выбора, кроме как заключить с нормандцами соглашение. Как только оно было подписано, папа получил возможность вернуться в Рим. Но он получил сильнейшую моральную травму и остался злейшим врагом нормандцев. На смертном одре он проклял их.
Лев IX открыл новую эпоху в истории папства. Он низлагал епископов-симонистов, расторгал неканонические браки вельмож. Особым положением, направленным против жен духовных лиц, проживавших в Риме, папа грозил этим женщинам поставить их в положение рабынь Латеранского дворца. Человек непорочной жизни, он, несмотря на личное смирение, исповедовал веками выработанные на Западе взгляды на Римскую церковь и папство как на высшую инстанцию, возвышающуюся над простыми смертными и венценосцами.
Этот папа вошел в историю не только своей реформаторской деятельностью и дипломатическим талантом, но еще и потому, что во время его понтификата резко обострились противоречия Римской и Византийской церквей, приведшие в итоге к разделению христианства на восточное и западное.
В то время Византийской империи с севера угрожали печенеги и русы, с востока — сельджукские турки и по всем границам — нормандцы. Правители Византии в не меньшей степени, чем папы, отдавали себе отчет в нормандской опасности. Древняя империя постепенно уменьшалась в размерах и все чаще обращалась за военной помощью к Западу. Усиление нормандцев тревожило и Рим. Поэтому, несмотря на не оставленные папством мечты об установлении универсального владычества, между папой и греческим императором начались переговоры.
Император Константин IX Мономах (1042–1055) понимал, что единственная надежда на спасение Италии и Византии заключается в союзе Запада и Востока, но в этом замысле он не имел опоры в собственной Церкви. Тем не менее он направил секретных посланцев к папе Льву.
После Большого Свято-Софийского собора в течение более чем ста пятидесяти лет открытой догматической полемики между Римом и Константинополем не было. Однако от римских епископов не приходилось ожидать терпимости и продолжения компромиссной линии Иоанна VIII. Но уже нельзя было игнорировать общность интересов Византии и Рима в отношении военного союза по изгнанию нормандцев из римских и византийских владений в Италии.
Предпринимая попытку договориться с папой Львом IX о совместной защите от норманнов, император Константин Мономах сулил вернуть под папскую руку южные итальянские епархии, входившие как часть империи в юрисдикцию Константинопольского патриархата. Но в плане государственном эти области император намеревался оставить за Византией.
Договор долго скрывался от константинопольского патриарха Михаила Кирулария, занявшего патриарший престол в 1043 г. Михаил происходил из знатной семьи, и во время борьбы за власть аристократических фамилий его даже прочили в императоры. Потерпев поражение, Михаил был пострижен в монахи и сослан на острова. Но, преодолев все превратности судьбы благодаря своей твердости и дарованиям, Михаил получил иную корону — патриаршую.