Считается, что императору кандидатуру Виктора настоятельно рекомендовал Гильдебранд, но и без его советов Генрих склонялся к мысли сделать папой Гебгарда.
Способный и опытный политик (одно время он был регентом Баварии и отлично себя зарекомендовал), Гебгард ранее решительно сопротивлялся всем попыткам папы Льва собрать армию. И теперь он не собирался заниматься проблемой Южной Италии и нормандцев. Однако их политика заставила его признать свою неправоту, и он отправился в Германию, чтобы посоветоваться с императором. Генрих верил своему испытанному соратнику безоговорочно: если тот считает, что нужна военная кампания против нормандцев, она состоится.
Император обсуждал с папой возрастающее могущество Лотарингского дома. Его усиление тревожило Генриха.
Готфрид Бородатый вступил в династический брачный союз со своей родственницей Беатрисой де Бар, вдовой погибшего на охоте могущественного маркграфа Бонифация Тосканского. Теперь его владения наряду с собственно Лотарингией простирались от Альп Брешии до Лацио, от Средиземного моря до Адриатического. В Италии ему принадлежала территория, вобравшая в себя Тоскану, большую часть Эмилии-Романии, Ломбардии, Венето и Лигурии.
На Рождество 1055 г. Генрих III обручил пятилетнего старшего сына в Цюрихе с Бертой Савойской из Каносской династии. Император попытался таким образом создать политический противовес усилению своего соперника Готфрида Бородатого.
Генриху III Черному было тридцать девять лет, и за всю жизнь он ни разу всерьез не болел. В конце сентября его свалила лихорадка, и спустя неделю он умер.
Следующие полгода Виктор держал в руках не только папство, но и Западную империю. Его император оставил пятилетнего наследника Генриха IV при формальном регентстве матери, Агнессы Пуату. Благодаря Виктору II власть беспрепятственно перешла к юному королю и императрице. Папа смог устроить примирение императорской семьи с Готфридом Бородатым, вновь короновал маленького Генриха IV в Ахене и позаботился о том, чтобы и склонные к самоуправству южнонемецкие князья присягнули Генриху на верность.
Смерть Генриха III послужила сигналом к феодальным смутам в Священной Римской империи. Правительнице удалось спасти франконский дом только благодаря многочисленным уступкам, приведшим к ограничению императорской власти. Агнесса, в отличие от своих предшественниц, вдовствующих императриц, не была опытным политиком, вступала в неразумные альянсы, награждала, не кого следовало, и карала невиновных. Недовольство ее правлением впоследствии привело к восстанию, в ходе которого архиепископ Кёльна взял на себя регентство, а вдова постепенно теряла влияние.
На Виктора навалилось множество дел. Сопровождаемый кардиналом Бонифацием Конти, он предпринял деловую поездку в Тоскану, но по дороге занемог. Весной 1057 г. он вернулся в Рим. Возвращение оказалось роковым. 28 июля понтифик пал жертвой лихорадки и умер в Ареццо, завещав похоронить себя на родине. На эскорт, сопровождавший его тело в Германию, напали разбойники, и папу спешно похоронили в мавзолее Теодориха в Равенне, к тому времени превращенном в церковь.
Императора, не считая мальчика Генриха IV, не было. В регентство слабой женщины можно было отважиться на попытку провести избрание папы независимо от имперской власти. И естественно, что на это мог решиться только лотарингский кардинал, так как он один был достаточно могуществен, чтобы оказать сопротивление германской короне.
Архидьякон Гильдебранд в это время находился в Риме. Его энергия и убежденность заставили выборщиков в очередной раз склониться перед его волей, и вопрос о преемнике быстро разрешился. Римляне немедленно пожелали иметь папой Фридриха Лотарингского — человека княжеского происхождения, выдающегося ума, твердого характера и полного энергии, некогда выступавшего в качестве главного помощника папы Льва. Теперь он был настоятелем монастыря Монте-Кассино.
Фридрих занял престол римского первосвященника под именем Стефана IX (X) (3.8.1057–29.3.1058).
Известие о смерти Виктора повергло германский двор в печаль; весть же о свободном избрании Стефана, представителя конкурирущего дома, вызвала негодование. Но королевская власть была слишком слаба, поэтому кандидатура Стефана получила вынужденное одобрение императрицы-регентши Агнессы.