Особый случай представляла собой Нортумбрия. Ее жители помнили свою прежнюю независимость, а также норвежских правителей Йорка и гордились тем, что в 1065 г. им удалось успешно изгнать эрла Тостига. В общем, это графство, отличавшееся по своему национальному составу и общественному устройству от остальных земель королевства, полностью откололось от остальной Англии. Тот факт, что Вильгельм держал эрла Моркара и несколько других представителей нортумбрийской знати в заложниках, не имел большого значения. Моркар не был уроженцем этой области, зато здесь было много потомков эрлов, раньше управлявших ею, а также полно знатных храбрецов, охотно готовых сражаться. Более того, нортумбрийцы могли призвать на помощь королей двух других держав — Шотландии и Дании. Первый из них с радостью бы расширил свое королевство до реки Хамбер, а второй сам имел притязания на трон Эдуарда. К тому же они оба были не такими уж чужеземцами по сравнению с Вильгельмом. Противопоставить такой военной угрозе новый король мог только влияние архиепископа Эльдреда Йоркского, проведшего большую часть жизни на юге Англии, и отвагу некоторых солдат удачи — и из Нортумбрии, и чужестранцев, — предлагавших Вильгельму вмешаться в ситуацию, представляя его интересы. Управление северными землями было доверено Копсигу, бывшему представителю эрла Тостига в Нортумбрии, который встал на сторону Вильгельма и снискал его расположение. Правда, в марте 1067 г. — или, возможно, в 1068 г. — он был убит.
Тем не менее такая ситуация не могла устрашить типичного государя XI в. Этельред управлял Англией в похожих условиях, а у Вильгельма в Нормандии дела когда-то обстояли и хуже. У англичан не было ни общей согласованной цели, ни признанного лидера, ни замков. Их единственными укреплениями были окруженные крепостными стенами города и местечки, тогда как Вильгельм обладал надежным плацдармом, профессиональной армией и, кроме того, непреклонной решимостью сломить любое противостояние. Борьба, начавшаяся в 1068 г., длилась фактически беспрерывно вплоть до 1071 г. Представители английской знати предавали Вильгельма один за другим. В свою очередь, бунтовали разные области. Однако именно такая разбросанность и прерывистый характер мятежей позволили Вильгельму разрядить напряженность. По мере того как росла волна возмущения, король задействовал несколько армий — свою собственную, а также войска самых надежных родственников и друзей — главным образом, Одо Байеского, Гильома Фиц-Осборна и Бриана Бретонского. Эти военачальники располагали личными дружинами и вассалами, но в качестве рядового состава использовали наемников. Из-за длительности кампании и неблагоприятных обстоятельств эти войска трудно было постоянно держать в одном месте, и их ряды, по-видимому, достаточно быстро поредели. Кроме того, возникла проблема рассредоточенности вооруженных сил, так как в ходе войны Вильгельм соорудил по всей Англии множество крепостей, в каждой из которых требовалось оставлять отдельный гарнизон. При любой возможности Вильгельм призывал на службу англичан, обязанных исполнять воинскую повинность, и они оказались весьма полезны в борьбе с мятежниками, особенно в южных областях. Однако для того чтобы окупить военные затраты, Вильгельму приходилось облагать страну тяжелыми налогами и захватывать добычу, и, несомненно, эти поборы и грабежи вызывали еще большие волнения.
В начале 1068 г. Вильгельм подчинил себе юго-запад. Выполнить его требования покориться отказался только Эксетер, жители которого решили, очевидно, создать оборонительный союз городов. Когда Вильгельм явился со своим войском к городу, его население разделилось по вопросу дальнейшего плана действий. Высокопоставленные лица предложили сдаться и выдали заложников, в то время как большинство горожан объявили о своем несогласии с подобными действиями, закрыв ворота. Тогда на виду у всего города Вильгельм приказал ослепить одного из заложников, и после восемнадцати дней осады, во время которой солдаты пытались сделать подкоп под городские стены, Эксетер был вынужден капитулировать. Вильгельм запретил солдатам заниматься грабежом, не допустил никакого насилия и даже не покарал жителей. Он только потребовал, чтобы в пределах города была возведена крепость, в которой разместился бы его гарнизон. После этого он объехал земли Корнуолла, чтобы оценить ситуацию, и на Пасху вернулся в Винчестер. Семья Гарольда вынуждена была отправиться в изгнание, и впоследствии вернуться попытались только его сыновья.