К лету восстание охватило Мерсию и Нортумбрию. Эрлы Эдвин и Моркар покинули Вильгельма и примкнули к валлийцам, однако когда король построил замок в Уорике и доверил его Анри де Бомону, эрлы снова покорились и получили прощение. Более важным событием для Вильгельма оказалось бегство в Шотландию Эдгара Этелинга с матерью и двумя сестрами. Их принял король Малькольм III, впоследствии женившийся на Маргарите — возможно, в 1069 г. После захвата Йорка нортумбрийцами Вильгельм выступил против них в поход. Он укрепил Ноттингем, доверив крепость Гильому Певерелю, а затем вторгся в Йорк, где также построил замок. Этельвин, епископ Даремский, решил сдаться и, став посредником между Вильгельмом и шотландским королем, сумел предотвратить вооруженное вмешательство последнего. В это же время или чуть позже Вильгельм пожаловал графство Дарем фламандскому рыцарю Роберту де Комину и повернул на юг, по пути заложив крепости в Линкольне, Хантингдоне и Кембридже. Между тем сыновья Гарольда, нашедшие приют в Ирландии, напали на Бристоль и Сомерсет. Однако в Англии их посчитали просто пиратами, и местным отрядам удалось их отбить. Из-за событий этого года некоторые нормандцы пали духом. По словам Ордерика Виталия, жены нормандских воинов, которые остались дома, побоявшись отправиться с ними в Англию, требовали возвращения своих мужей. Впрочем, ситуация была такова, что равным образом не устраивала ни английских, ни нормандских женщин. Вильгельм предлагал недовольным солдатам богатые поместья, обещая, что они получат земли еще лучше после покорения всей Англии, а его верные соратники взывали к их чести. Несмотря на это, очень многие дезертировали из армии, в том числе, по некоторым данным, и Гуго де Гранмениль, сражавшийся при Гастингсе, а затем управлявший областью Винчестера. Таким образом, Вильгельму пришлось набрать еще наемных солдат, пообещав им еще более крупное вознаграждение.
1069 год начался с того, что в Дареме вместе со своими людьми был убит Роберт де Комин, а в Йорке — кастелян Роберт Фиц-Ричард. Затем из Шотландии явился Эдгар Этелинг — собрав под своим знаменем предводителей нортумбрийцев и встретив теплый прием в Йорке, он напал на королевские замки. Гильом Мале, местный военачальник, оказался в большой опасности, однако еще до Пасхи Вильгельм снова заставил Эдгара уйти, разорил город и оставил его на своего заместителя, преданного Гильома Фиц-Осборна. Летом в Северный Девон вторглись — на этот раз, вероятно, с более крупным флотом — сыновья Гарольда, однако их разбил граф Бриан. Беспокойство нормандцам причинил также ряд локальных мятежей на западе. Жители Дорсета и Сомерсета напали на замок Роберта Мортенского в Монтакуте, однако их усмирил Жоффруа, епископ Кутанский. Честерцы и валлийцы атаковали Шрусбери — поддержку им оказали жители городов графства Шропшир и Эдрик Дикий. Эксетер, оборонять который вновь осталось только его население, подвергся нападению мятежников из Девона и Корнуолла. Для подавления этих восстаний король отправил своих военачальников — Вильгельма Фиц-Осборна с севера и графа Бриана с юго-запада. Они обнаружили, что враг сжег Шрусбери дотла и уже покинул его, но у Эксетера им удалось нанести противнику серьезный удар.
Осенью в ситуацию вмешался новый претендент на престол — датский конунг Свейн Эстридсен. Сын сестры Кнута и дальний родственник покойного короля Гарольда и королевы Эдит, вдовы Эдуарда, он заявлял, что Эдуард завещал трон именно ему. Действуя не так быстро, как Вильгельм, он подготовил к этому времени для похода войско, в которое входили отряды из Польши, Фризии, Саксонии и даже Левтиции (возможно, Лаузица), приплывшие, как утверждали, на кораблях числом до трехсот, и которым командовали его брат Осборн — принц, изгнанный из Англии в 1049 г., — и двое его сыновей. Кроме того, армию сопровождали епископы. Эта экспедиция, вероятно, не отличалась таким размахом, как кампания Вильгельма три года назад, но, безусловно, была вполне сравнима с ней по масштабам. Опустошая прибрежные земли, захватчики проплыли вдоль побережья от Дувра до Хамбера, где к ним присоединился Эдгар и другие представители английской знати. Объединенные войска овладели крепостями в Йорке и уничтожили или захватили в плен воинов гарнизона (среди которых был и Гильом Мале), а город вновь был предан огню. Во время боев погиб старый архиепископ Эльдред. Та Англия, которую он знал, была превращена в руины. Когда Вильгельм в очередной раз выступил на север, датчане отошли к берегам Хамбера, а предводители англичан опять отступили. В отличие от захватчиков, явившихся сюда в 1066 г., — Харальда Сурового, Тостига, а потом и Вильгельма, — Осборн и Эдгар боялись решающей битвы. Правитель часто может позволить себе избегать генеральных сражений, претендент же должен делать это крайне редко. Эта нерешительность, а возможно, и трусость союзников делала честь военной репутации Вильгельма и означала, что, если он не совершит ошибку, победа достанется именно ему.