Город с окрестностями был весьма торжественно передан Литве, при этом Красная Армия увезла с собой, что могла. Ценные архивы попали в Минск. Все же для литовцев возвращение Вильнюса было триумфом, который, правда, слегка омрачали неуютные предчувствия. Молодой сионист Менахем Бегин, тогда оказавшийся в городе, уловил это настроение: «Страстная мечта маленького народа, которую любой трезвый наблюдатель — независимо от его позиции — назвал бы фантастической, вдруг осуществилась, причем самым невероятным образом <...>. Литва, возродившаяся в свое время в войне против Москвы, получила от той же Москвы город своей мечты! Но литовцы не вполне верили в искренность намерений своего "благодетеля". Зимой 1940 года, в самый разгар празднеств по случаю возвращения Вильнюса, многие литовцы с горькой усмешкой говорили: "Vilnius mūsų, о Lietuva rusų" ("Вильнюс принадлежит нам, а Литва — России"). В эту зиму, зиму передышки, ожиданий и затаенного страха, литовцы восторгались дипломатическим умом своего "старика" — президента Сметоны, а высокие, стройные и разодетые в пеструю униформу полицейские (евреи прозвали их "метр восемьдесят") безраздельно хозяйничали и в Вильнюсе, и в Каунасе».
Жители Вильнюса, успевшие за месяц почувствовать вкус советского строя, восприняли его уход как подарок судьбы. По новому, уже четвертому разделу Польши, только в литовской столице — пусть и временно — не было ни нацизма, ни коммунизма: по-прежнему выходили нормальные газеты, в том числе и польские, работали культурные заведения, люди ощущали защиту закона, прекратились необъяснимые аресты. Правда, мифы поляков и литовцев остались непримиримыми. Литовцы говорили о двадцатилетней польской оккупации, от которой город, слава богу, освободился; поляки — об оккупации литовской, от которой они с Божьей помощью освободятся. Краёвцы понимали, что и в одном, и в другом случае слово «оккупация» не совсем годится — положение куда запутаннее. Казалось, впервые возникла возможность воплотить их мечту о многонациональном мирном Вильнюсе, тем более что и многие литовцы ей сочувствовали. Но атмосфера испортилась почти сразу. В правительстве Литвы было предостаточно шовинистов, а иные вильнюсские литовцы, натерпевшись за двадцать лет, мечтали о реванше. Официальный миф, что Вильнюс — чисто литовский город, жаждущий вернуться в объятья отчизны, не выдержал проверки на истинность: новые хозяева тут же решили воплотить его в жизнь без промедления и любой ценой. Немедленная литуанизация университета нанесла краёвцам катастрофический удар. Почти все профессора и студенты отказались в нем работать — тем более что литовский язык невозможно быстро выучить, — а тех немногих, кто не отказался, польская общественность считала коллаборационистами. Ученики гимназий бойкотировали литовские уроки и хохотали, когда им доказывали, что они на самом деле литовцы, только забывшие родной язык. Красавцев-полицейских, которых евреи прозвали «метр восемьдесят», поляки называли «kalakutas» («индюк»), и это было, наверное, единственное литовское слово, которое знали все до единого жители Вильнюса.
Бернардас Браздженис, самый известный поэт того времени, получил государственную премию за поэму «Город великих князей», главным героем которой был Витовт, или Витаутас Великий, идеальный правитель средневековья, равно опекающий и литовца, и еврея, и русского, и немца, и белоруса. Поляков в этом списке не оказалось. Правда, во времена Витовта — но не во времена Бразджениса — в городе их и было немного. Все, что произошло после Витовта, по старой традиции литовского национализма было упадком: крепостное право, господство чужих аристократов и чиновников, навязанный язык в костелах и дворцах... Этот темный период следовало забыть. Новая Литва искала свои исторические корни только в эпохе до унии с Польшей.
Авторитарный президент Литвы Антанас Сметона не спешил переселяться из Каунаса в Вильнюс. Он двадцать лет не видел города, в котором провел молодость и начал политическую карьеру, и не хотел в него возвращаться в трудное время военных и политических тревог. Но он не мог медлить бесконечно. В Вильнюсе главу государства ожидал дворец, в котором когда-то жили Наполеон и Александр I, а потом — Муравьев и Желиговский. Первый визит президента в Вильнюс был назначен на двадцать третье июня 1940 года. Он не состоялся, поскольку Сталин в начале июня решил окончательно закрепить свои права в балтийской зоне, которая отошла к нему по пакту Молотова-Риббентропа.