Вирус, который сломал планету. Почему SARS-CoV-2 такой особенный и что нам с ним делать

В среднем отличие C(t) в 3,3 цикла указывает на десятикратную разницу в исходной концентрации вирусных нуклеиновых кислот. Иначе говоря, в образце, который дал положительный сигнал на 25-м цикле, в 10 раз больше РНК коронавируса, чем в образце, в котором положительный сигнал проявился на 28-м цикле. Зная это и крайнее значение C(t), выше которого образец условно считается чистым, можно гораздо точнее интерпретировать положительные результаты РНК-теста. Однако такая практика не применяется для массового тестирования, и итоги генетического анализа рассматривают бинарно: либо «да», либо «нет» — очевидно, потому, что так проще при большом потоке образцов. Причем за стандартную границу, которая отделяет положительный и отрицательный результаты ПЦР-теста часто принимают C(t)=40, что, безусловно, избыточно: так как полимераза всегда работает с ошибками, да и праймеры могут иногда «прилипать» к нецелевым фрагментам, на 40-м цикле накапливается множество посторонних фрагментов, которые способны дать ложноположительный сигнал. Возможно, в будущем чиновникам от здравоохранения придется пересмотреть систему оценки результатов, в противном случае будет крайне сложно организовать массовое тестирование, которое позволило бы странам не жить в режиме вечного карантина, а вернуться к нормальному существованию. Мы подробнее обсудим этот момент в главах 11 и 12.

Технические детали

На самом деле все несколько сложнее, и на разных машинах для проведения ПЦР одно и то же исходное количество РНК может давать сигнал на разных пороговых циклах. В идеале следует перед началом массовых анализов калибровать все приборы, определяя, какой C(t) соответствует опасному с точки зрения заражения количеству РНК в образце. К осени 2020 года в научном сообществе сложился консенсус, что оно составляет около миллиона копий на образец.

Пока же принято считать, что положительный результат ПЦР-теста образца, взятого из полости носа, ротоглотки или, реже, носоглотки, говорит, что человек заражен коронавирусом, даже если C(t) далеко за 30. И наоборот, у не болеющих прямо сейчас и контактировавших с больными за доказательство чистоты принимают отрицательный результат одного теста. У тех, кто болел, критерием выздоровления считают два отрицательных результата, полученных с интервалом в несколько дней при отсутствии клинических симптомов. Впрочем, постепенно от этой практики отказываются, и если у человека с подтвержденной ранее коронавирусной инфекцией с момента появления симптомов прошло более десяти дней, а сами симптомы исчезли, его могут вычеркнуть из списка болеющих и без второго теста[320]. Отсутствие симптомов критически важно: так как по мере прогрессирования болезни SARS-CoV-2 спускается из верхних дыхательных путей в нижние, на второй-третьей неделе болезни вирусная РНК в мазках из глотки может не определяться, хотя коронавирус замечательно размножается в легких и может загнать пациента в реанимацию. Самое неприятное, что эту ошибку (приравнивать отрицательный тест к отсутствию вируса в организме, а положительный — к его наличию) часто допускают в исследовательских статьях. Именно поэтому так важно вчитываться в детали проведенных экспериментов, а не только в громкие заголовки публикаций в СМИ.