Вирусы: Скорее друзья, чем враги

Мы рассмотрим механизм перехода от экзогенных к эндогенным вирусам на примере австралийских коал, так как в этом случае практически в реальном времени можно наблюдать процесс эндогенизации. Читатель может удивиться, узнав, что даже вирус Эбола способен проникать в линии зародышевых клеток. это не наблюдалось в организме человека, но имело место у летучих мышей, свиней и кенгуру. К сожалению? На этом вопросе нужно остановиться подробнее. Основная идея сводится к следующему: эндогенные вирусы защищают от экзогенных вирусов. Они их не пускают!

Экзогенные вирусы, главным образом ретровирусы, продолжают существовать в геноме (соматической) клетки на протяжении всей ее жизни. В случае ВИЧ жизненный цикл инфицированных лимфоцитов может составлять 60 дней. Затем клетки гибнут вместе с интегрированными в них ДНК провирусов. К этому времени продуцирующие вирус клетки распространяют 10 вирионов в день. И все же такое выживание сохраняется практически навсегда, если ДНК провируса интегрируется в зародышевые клетки, поскольку эти клетки передаются из поколения в поколение. Таким образом, ретровирусы в организме отца или матери наследуются детьми как собственные гены, как «свой», а не инородный материал. Это продолжается 100 млн лет, а может быть, и дольше. В отличие от соматических клеток, зародышевые клетки, как правило, не продуцируют потомство, и потому новые вирусные частицы не появляются. 100 млн лет не является точно установленным временны́м рубежом, однако более продолжительные периоды интеграции трудно подтвердить, поскольку вирусные последовательности претерпевают мутации, изменения, делеции, которые в определенный момент аккумулируются настолько, что становится невозможно распознать вирусное происхождение ДНК.

Почему эндогенные вирусы накопились в наших геномах? Они должны происходить от реальных вирусных инфекций. Почему на протяжении миллионов лет они сохраняются в наших геномах как провирусная ДНК? По стечению обстоятельств? Случайно? Является ли интеграция надежным способом «укрывания» вирусов, которые прячутся под видом клеточных генов и так становятся недоступными для распознавания иммунной системой хозяина? Защищен ли эндогенный вирус от иммунной системы хозяина? Если это так, интеграция могла бы стать большим преимуществом не только для вируса, но также для клетки, в чем мы далее сможем убедиться. Все это действительно так.

У клетки практически нет шансов избавиться от эндогенной интегрированной ДНК провируса. В ней всегда есть некоторое количество остатков таких последовательностей. Есть концы провирусной ДНК, длинные концевые повторы (ДКП), которые являются промоторами для вирусных генов. Эти повторы идентичны на обоих концах провирусной ДНК в силу механизма репликации, задействованного в их образовании. Они могут рекомбинироваться после интеграции и тем самым устранять последовательности между ними, расщепляя «слоистые» структуры и оставляя за собой только один ДКП. Это приводит к формированию многочисленных одиночных ДКП и только нескольким полноразмерным ретровирусам. (.)

В случае гибели клетки гибнет и эндогенный вирус. Кроме того, если со временем эндогенные вирусы становятся бесполезными, клетки млекопитающих оказывают им противодействие и укорачивают их. Под понятием «бесполезные» подразумевается, что эти вирусы более не дают клетке никаких преимуществ и перестают защищать ее от внешних вирусов (см. далее). Как правило, оставшаяся часть вируса функциональна.

Именно так в наших геномах накапливается большое число поврежденных вирусов, и этот процесс идет миллионы лет. Зачастую первыми теряются гены, кодирующие белки оболочки Env. Эти белки необходимы для упаковки и высвобождения интактных вирусных частиц. Будучи лишенными Env-покрытия, вирусы становятся «голыми» и не могут ни покинуть клетку, ни проникнуть в новую. В этом случае существует две возможности: Env может быть утрачен, но также может быть приобретен во время эволюции или заимствован из вспомогательного вируса.