Когда в Халкидоне состоялся Четвертый Вселенский собор, организованный Марцианом и Пульхерией, стало ясно, что сложилась крайне напряженная обстановка, грозившая расколом. Участники Халкидонского собора отвергли решения, принятые на Втором Эфесском соборе и провозгласили Христа единосущным с Отцом в том, что касалось Его божественной природы, и единосущным с людьми, в том, что касалось Его человеческой природы. Проводившиеся в Никее, Константинополе и Эфесе соборы были также позднее признаны Вселенскими. «Томос к Флавиану» был зачитан и одобрен, взгляды Нестория в очередной раз были провозглашены ересью, однако решение, к которому в итоге пришли собравшиеся, гораздо больше напоминало пропагандируемый антиохийской богословской школой принцип двуединой сущности Христа, чем представление о единой сущности, которого придерживались александрийцы. Итоги собора спровоцировали раскол между двумя церквями, который так и не удалось преодолеть. По мнению представителей несторианства, следовало делать больший акцент на двуединой природе Сына Божьего. Впоследствии представители этого диофизитского христологического учения перебрались в Персию, а оттуда расселились по Индии, Центральной Азии и Китаю. Сегодня это учение исповедует лишь Ассирийская церковь Востока.
Те, кто верил, что истинная доктрина подразумевает представление о единой природе Христа, в которой божественное неотделимо от человеческого, назывались «монофизитами». Этот термин происходит от двух греческих слов – µόνος («один, единственный») и φύσις («природа») и представляется довольно спорным (поскольку подразумевает, что у Христа была
Халкидонский собор привел в смятение религиозную жизнь империи, но и в делах политических все шло не слишком гладко. Правительство Марциана сильно зависело от Аспара и его сына Ардавура. Несмотря на то что, будучи арианами, оба военачальника вызывали презрение у немалого числа людей в Константинополе, им удалось усмирить неприязнь к себе, совершив немало благодеяний (к примеру, в 459 г. завершилось строительство цистерны Аспара – крупного водохранилища, в котором город, и по сей день испытывающий трудности с поставкой пресной воды, отчаянно нуждался). Власть аланов сохранялась и в годы правления следующего императора, Льва I (457–474), который, как и Марциан, был зрелым мужем и в прошлом командовал войсками на Балканах. Когда-то он работал на Аспара, который уже не раз способствовал восхождению нового императора на престол.
Однако вскоре Лев начал предпринимать попытки освободиться от влияния Аспара. Стремясь обеспечить баланс сил, он стал наделять властью своих приближенных, прежде всего членов семьи и исавра по имени Тарасикодисса. Исавры, народ, населявший гористые южные регионы Малой Азии, пользовались репутацией беспощадных разбойников. Тарасикодисса поднялся в чине в конце 460-х гг.: он спровоцировал низвержение Ардавура, заявив, что тот якобы причастен к сговору с Персией, женился на императорской дочери Ариадне, взял себе греческое имя Зенон и получил контроль над рядом значимых военных округов. Крупный поход против вандалов в 468 г. обернулся фиаско и огромными финансовыми потерями для империи (на него ушли почти все годовые доходы государства). Когда в провале обвинили Аспара, пришло время его устранить. Аспар и Ардавур были убиты во дворце в 471 г., а в 474 г. умер Лев I, и Зенон стал его преемником, хотя поначалу он выполнял лишь роль регента при его малолетнем сыне Льве II, который также вскоре скончался.