Чтобы ловко лавировать в темных водах дворцовых интриг, Исаак опирался на патриарха Михаила Керулария и Михаила Пселла, занимавшего должность высокопоставленного чиновника по гражданским делам. Исаак эксплуатировал образ сподвижника военных, однако нежелание брать в расчет интересы элиты в конце концов привело его к краху. Пселл уговорил его отречься от престола в пользу своих новых фаворитов – Дуков, аристократического клана из Пафлагонии – и уйти в Студийский монастырь. В 1059 г. императором стал Константин X Дука, который возвел своего брата Иоанна в почетный сан кесаря. Константин изменил курс Исаака, направленный против аристократии, и предпринял ряд мер, чтобы заручиться поддержкой константинопольской элиты.
За пределами империи произошла перегруппировка политических сил: сельджуки, которые теперь правили в Багдаде, начали наступление на Византию и направили свои силы в сердце империи – на юго-запад Анатолии и в Армению. Сельджуки действовали самостоятельно, либо через подчинявшихся им (в той или иной степени) тюркских военачальников. Римская церковь признала завоевания норманнов в Италии, поскольку не в силах была противостоять им, и в 1059 г. они двинулись на юг: Калабрия сдалась к 1060 г., открыв путь к Апулии на севере и Сицилии на юге. Кампанию возглавили братья Отвиль – Рожер I Боссо и Роберт по прозвищу Гвискар. Балканские владения Византийской империи подвергались опустошительным набегам половцев.
Смерть Константина X в 1067 г. спровоцировала кризис, поскольку его наследники были еще детьми. Евдокия Макремволитисса, вдова Константина и племянница патриарха Керулария, была вынуждена дать клятву не вступать в повторный брак, чтобы трон гарантированно перешел к ее сыну от Константина – Михаилу. Тем не менее вскоре она вышла замуж за Романа IV Диогена, видного военачальника из влиятельного аристократического рода, таким образом возведя его на трон.
Военный опыт подсказывал Роману, что сражения на двух фронтах с учетом текущего положения византийской армии были невозможны. В то время армия в большинстве своем состояла из наемников, а провинциальные войска (фемные армии) находились в плачевном состоянии. Такое положение вещей сохранялось уже несколько десятилетий, будучи отголоском гражданских войн и завоевательных походов X и начала XI в.
Оборонительные усилия были сосредоточены в первую очередь на Анатолии, в том числе и потому, что император и его сторонники были оттуда родом. В результате норманнская экспансия вышла из-под контроля, что привело к постепенной потере всех византийских владений в Италии, включая Бари – последний оплот империи, павший в 1071 г. В Анатолии Роман IV смог добиться некоторых успехов, одержав несколько побед над турками-сельджуками. Это придало ему уверенности и утвердило во мнении, что стоит ему мобилизовать все силы, которые только удастся собрать, и он вытеснит врага из Армении.
Кампания началась в 1071 г. и закончилась катастрофой: в битве при Манцикерте около озера Ван императорская армия была разгромлена, а Роман взят в плен. Говорят, что во время этого сражения Андроник Дука, сын кесаря Иоанна Дуки, командовавший арьергардом армии, пустил слух о пленении императора, чем вызвал панику в рядах войск. Несмотря на относительно небольшие потери, Манцикерт стал символическим началом конца византийской Анатолии; впрочем, судьбоносной оказалась не сама битва, а ее последствия. Как только вести о поражении при Манцикерте достигли Константинополя, Дуки развязали борьбу за власть. После освобождения Романа IV из плена началась гражданская война, основными силами которой стали армянские и норманнские наемники. Роман потерпел поражение, был ослеплен и вскоре умер в 1072 г. В 1071 г. императором стал Михаил VII Дука.
В результате событий следующего десятилетия империя оказалась на грани разорения. Для отражения турецких набегов на Анатолию в 1073 г. туда была направлена армия, состоявшая в основном из норманнских наемников. Их лидер Руссель де Байоль дезертировал, захватил область на северо-востоке и объявил ее независимым государством под своим началом. В 1075 г., прибегнув к помощи турецких наемников, победу над ним в конце концов одержал молодой Алексей Комнин, племянник Исаака I Комнина. Тем временем Михаил VII столкнулся с серьезными проблемами внутри империи: содержание наемников обходилось дорого, в стране возникли экономические трудности: на фоне увеличения налогов началась инфляция и девальвация. За это василевс получил прозвище Парапинак, что значит «без четверти», потому что в годы его царствования в связи с увеличением цен на зерно за одну номисму можно было купить не целый модий хлеба, а лишь три четверти.