В вопросах автономии Константинополь оказался несговорчив, и уже на следующий год Борис обратился в Рим с множеством вопросов по поводу христианской жизни и устроения церкви, а заодно с предложением о переходе в Римский патриархат с предоставлением самоуправления Болгарской церкви. Понятно, что на последний пункт был дан вежливый отказ. Более того, Рим отверг даже обоих кандидатов, представленных Борисом для епископского посвящения. При этом переход под римскую опеку всячески приветствовался (моментальное предоставление самоуправления только что родившейся церкви вообще не было свойственно христианской миссии, хотя этого нередко могли желать государи новообращенных стран). Большинство вопросов касалось элементов византийской цивилизации, которыми миссионеры хотели снабдить новообращенных вместе с принятой ими новой верой. Подобное культуртрегерство не всегда находило понимание у недавних варваров, имевших свои вековые жизненные уклады. И хотя в вопросах языка Римская церковь была куда менее плюралистична, нежели Восточная, то на принятии византийских обычаев, ей самой не свойственных, она не настаивала. Это было достаточным для того, чтобы Борис попытался принять у себя латинское духовенство.
Но все же основная цель царя – церковная независимость – достигнута не была. Поэтому Борис вновь вступил в переписку с Фотием, который на этот раз оказался гораздо уступчивей в вопросах «церковного быта». Эта дошедшая до нас переписка Бориса с папой Николаем и патриархом Фотием по сходным вопросам – один из интереснейших примеров не только разных миссионерских практик, но и, шире, межкультурных контактов и взаимоотношений в Средние века.
Хотя в итоге Борис решил остаться в сфере влияния Византийской церкви, это не остановила претензий Рима, раз уж Борис однажды призвал к себе латинскую иерархию. К тому же со времени иконоборчества оставался вопрос о балканских епархиях Римской церкви, которые императоры-иконоборцы переподчинили в то время подконтрольной им церкви Константинопольской. Иконоборческий кризис был разрешен, общение восстановлено, однако ни православные византийские императоры, ни патриархи не спешили отдавать епархии Риму. На этом фоне возник конфликт двух кафедр во время правления папы Николая в Риме и патриарха Фотия в Константинополе.
К этому прибавился и внутренний византийский конфликт. В 858 г. Фотий был возведен на патриарший престол вместо низложенного патриарха Игнатия. Когда к власти пришел основатель Македонской династии император Василий I (речь о нем будет ниже), то он низложил Фотия и восстановил в качестве патриарха Игнатия. Для Римской церкви это была возможность избавиться от сильного конкурента, и на соборе 869–870 гг. в Константинополе в присутствии папских легатов Фотий был отлучен, а Игнатий утвержден в качестве патриарха. Однако Игнатий умер через несколько лет, и император оценил способности прежнего патриарха, которого сместил, считая чрезмерным сторонником Михаила III, свергнутого Василием I.
Однако еще до своего низложения Фотий успел поднять богословский вопрос, который перевел весь конфликт в иную плоскость. Это был вопрос о прибавлении к Символу веры, который использовался на Западе не повсеместно, но уже во многих франкских и испанских церквах. Это прибавление, как утверждал патриарх Фотий, противоречило постановлениям Вселенских соборов о недопустимости изменений в Символе веры, а также по своему смыслу нарушало христианское учение о Святой Троице. Это было началом богословских споров между христианским Западом и Востоком, который позже приведет к разделению на православную и католическую церкви. Еще до своего низложения собором Василия I и папских легатов, Фотий в 867 г. по ходу конфликта с Римом объявил папу Николая отлученным от церкви за догматические нововведения. Это решение Фотия, на которое вряд ли у него имелось каноническое право, было разослано восточным патриархам. Впрочем, позже это не помешает ему вменить свое отлучение в небывшее и воспринимать папу как законного патриарха Запада.
Конфликт был разрешен на новом константинопольском соборе 879–880 гг., собравшемся вновь в присутствии папских легатов уже для утверждения Фотия. Здесь же было подтверждено согласие всех церквей, включая Римскую, о неизменяемости символа веры и по некоторым другим вопросам. Догматическое единомыслие в церкви было, таким образом, подтверждено и сохранялось до схизмы XI в. Вопрос о Болгарской церкви был также решен в пользу Константинополя, и здесь ссылались на предпочтения, высказанные болгарскими представителями на соборе.