В 1906 году, находясь в тюрьме, Богданов
написал еще одну книгу по философии – третью часть "Эмпириомонизма", сделав новый шаг по пути замены диалектического материализма – философской основы марксизма и становящегося ленинизма – идеалистическими взглядами Маха и Авенариуса. Прочитав эту работу, Ленин летом этого же года написал Богданову письмо по философии – письмо большое, в виде 3-х тетрадей, в котором сделал подробный анализ его антимарксистских, субъективно-идеалистических взглядов в области философии. В этом факте проявилась одна из важнейших черт Ленина, как теоретика-марксиста, выдвинувшегося самой логикой борьбы за социализм в России, на передовые позиции в битве за социализм во всем мире, в том числе и в отстаивании важнейших теоретических оснований научного социализма, – последовательно отстаивать марксистское мировоззрение, марксистский диалектический метод как важнейшие теоретические условия будущей победы социализма в России и в мире.Владимир Ильич
показал эти тетради соратникам, подумывал их напечатать под названием " Заметки рядового марксиста по философии", но в " буче боевой, кипучей" (как писал В.В.Маяковский) революционных событий он не успел собраться. К сожалению, эта работа оказалась утерянной и не найденной.В 1908 году выходит сборник статей Богданова, Базарова, Бермана, Гельфонда, Луначарского, Суворова, Юшкевича "Очерки по философии марксизма",
в которой, по оценкам Ленина, марксистскому мировоззрению противопоставлялась в наукообразной форме идеализм и мистика.