Похожее сопротивление «Операции Z» оказывало и высшее командование флотом. Особенно возражал против этого начальник оперативного отдела Главного морского штаба капитан 1 ранга Садатоси Томиока, считая план Куросимы слишком рискованным. Слишком много сил вкладывается в «Операцию Z», а что если она не удастся? Вдруг окажется, что в Перл-Харборе не будет американского флота, который куда-нибудь перебазируется. Тогда все усилия пойдут прахом. Полемика велась очень эмоционально, Томиока и Куросима сильно горячились, а однажды дело чуть не дошло до драки. К счастью, разгоряченных штабных офицеров удалось в последний момент разнять. Но даже Куросима стал сомневаться в правильности своих предпосылок.
Ни в чем не сомневался только сам Ямамото, а любая оппозиция из Токио делала адмирала еще более твердым. Однажды, играя в шахматы со своим любимцем Ватанабе, главком замегил: «Я подумываю об отставке». Ватанабе не поверил. Но это были не пустые слова. Адмирал рассматривал угрозу ухода в отставку как последний аргумент в пользу его плана.
Учения и тренировки в подготовке налета на Перл-Харбор, набирая темп, продолжались на острове Кюсю, самом южном из всех главных японских островов, известным своими действующими вулканами, воинственным населением и порнографией. Разумеется, никто, кроме тех, кто непосредственно занимался планированием операции, даже командиры авианосцев, не знали цели проходящих учений. Летчики-истребители на авиабазе Саеки знали только, что их готовят к какой-то крупной операции, в которой будут использованы истребители с четырех авианосцев. Пикирующие бомбардировщики располагались примерно в ста пятидесяти милях южнее, на авиабазе Томинака. Они тренировались в ночных атаках и в точности сброса бомб по буксируемым плотам.
Другие самолеты базировались еще южнее, на входе в бухту Кагосима. Их самолеты были двойного применения: в качестве горизонтальных бомбардировщиков и торпедоносцев. Торпедоносцы проносились низко над жилыми домами, пугая местное население. Каждый самолет-торпедоносец имел экипаж из трех человек: пилота, наблюдателя-бомбардира и стрелка-радиста! Торпедоносцы должны были пройти над горами, окружающими город Кагосима, на высоте примерно две тысячи метров, затем резко снизиться, проскочить над заводскими трубами и появиться в районе портовых причалов уже на высоте около восьми метров над поверхностью воды. В этот момент бомбардир-наблюдатель имитировал сброс торпеды по катеру, играющему роль «линкорного ряда». Зачем самолет совершал резкий разворот вправо, чтобы не врезаться в гору Сакурадзима (действующим вулкан на маленьком острове посреди бухты) и продолжал нестись над самой поверхностью воды, распугивая рыбацкие лодки, которым не посчастливилось оказаться поблизости. Все было прекрасно, но от населения Кагосимы поступали многочисленные жалобы с просьбой к командованию унять своих пилотов, которые, пролетая над самой самой крышей ресторана Хирано, доводят гейш до истерики.
Капитан 2 ранга Генда выбрал город и бухту Кагосима, поскольку рельеф местности там позволял разрешить многие проблемы, с которыми пилоты должны были столкнуться в Перл-Харборе. Так же, как в Кагосиме, летчики должны были пролететь в Перл-Харборе над многочисленными заводскими трубами и домами и, появившись над гаванью на предельно малой высоте, сбросить торпеды в «Линкорный ряд». Причина, из-за которой Генда засгавлял пилотов легать на такой самоубийственно малой высоте, заключалась в том, что воды Перл-Харбора были очень мелкими, и торпеды, сброшенные с большей высоты, неизбежно бы врезались в ил дна гавани. Но даже сброс торпед с высоты восемь метров не до конца решил эту проблему, и Генда с помощью специалистов военно-морской базы в Йокосуке разработал специальные деревянные стабилизаторы, позволявшие эффективно применять торпеды на мелководье.
В нескольких сотнях миль к северо-востоку, у красивейшего холмистого побережья острова Сикоку» группа моряков готовилась к другой фазе «Операции Z», вызывая всевозможные догадки и порождая различные слухи у населения небольшого городка Мицукуе. Каждое утро десятка полтора юных младших лейтенантов флота отплывали на рыбачьих лодках из бухты Микукуе, буксируя за собой какие-то закрытые брезентом сигарообразные объекты длиною примерно тридцать метров. К вечеру они возвращались в гавань, и юные офицеры собирались в гостинице Ивамийя на обед.
Закрытые брезентами объекты являлись двумя сверхмалыми подводными лодками, на которых их экипажи учились проникать через узкий проход бухты Мицукуе, имитируя торпедную атаку против американских кораблей. Но даже их инструкторы не знали, что они готовят подводников к атаке на Перл-Харбор.