1 января 1988 г. были созданы 14-е отделение (информация об агентурно-оперативной обстановке на территории противника), 25-й отдел (контрразведывательного обеспечения и охраны разведывательного аппарата) — на базе подразделений 26-го отдела и 40-й отдел (объект «KAHAN», противоатомное убежище).
22 августа 1988 г.26-й и 31-й отделы были объединены в 26-й (внешняя контрразведка, эмиграция, иностранные центры идеологической диверсии), 37-й и 42-й — в 37-й (политическая разведка в Европе), 14-е отделение и 28-й отдел — в 28-й отдел, функции отдела «KAHAN» были переданы 12-му отделу.
К 1989 г. структура Управления имела следующий вид:
2-й отдел (ведомственный комитет КПЧ F-16)
4-й отдел (Разведывательная школа)
5-й отдел (спецрезерв)
6-й отдел (комитет ССМ)
10-й отдел (планирования и анализа)
12-й отдел (организационно-оперативный)
13-е отделение (аналитическое нелегальной разведки)
17-й отдел (информационный)
18-й отдел (оперативная документация нелегальной разведки)
23-й отдел (вербовка, подготовка и руководство нелегалами)
25-й отдел (контрразведывательное обеспечение и охрана разведывательного аппарата)
26-й отдел (внешняя контрразведка, борьба с идеологической диверсией, эмиграция)
27-й отдел (кадры)
28-й отдел (оперативная техника нелегальной разведки)
36-й отдел (активные мероприятия)
37-й отдел (Европа)
47-й отдел (Ближний и Дальний Восток)
50-й отдел (связь)
52-й отдел (США и Латинская Америка)
55-й отдел (автоматизация и учет)
59-й отдел (хозяйственный)
69-й отдел (оперативный научно-технической разведки)
74-й отдел (информационно-аналитический научно-технической разведки)
80-й отдел (разведка с территории ЧССР)
Медицинский центр
Управлением руководили
Сравнивать эффективность разведслужб разных стран — дело по многим причинам неблагодарное. Во-первых, нам a priori известно не все. Во-вторых, сложно подобрать критерии оценки, единые и для разведки сверхдержавы, подобной ПГУ КГБ СССР и для спецслужбы небольшого государства со скромными национальными интересами, каковой было I Управление КНБ Чехословакии. Вторая главным образом решает свои региональные задачи, оказывая поддержку своей сверхдержаве на региональном уровне.
Наиболее удобной страной для работы «малых» социалистических разведок была нейтральная Австрия, которая использовалась как плацдарм для работы против главных противников — США и НАТО. Венская резидентура МВД ЧССР руководила агентами в других странах, структурах ООН, в чешской эмиграции и западных центрах идеологических диверсий. Здесь проводились нелегальные закупки западной технологической продукции, запрещенной к ввозу в соцстраны. I Управлению МВД удалось завербовать как минимум двух высокопоставленных сотрудников в австрийских спецслужбах — чиновника государственной полиции Фридолина Хехтла и полковника разведслужбы Максимиллиана Маттеза.
Хехтл (настоящее имя Альфред Фридолин Петрович) был завербован в 1954 года родным дядей — отставным сотрудником МВД ЧССР Адольфом Пюхлером. В госполиции Австрии он работал на весьма интересующем Прагу участке — в отделе, занимающемся фильтрацией и проверкой беглецов из стран социалистического блока. В силу этого, его возможности использовались не только в интересах чехословацкой разведки, но и КГБ, и, вероятно, «штази» и МВД Венгрии. После падения социалистической системы он был раскрыт. Уже в XXI веке Чехия требовала его экстрадиции, обвиняя в убийстве перебежчика из венгерской спецслужбы Белы Лапушньика, скончавшегося при невыясненных обстоятельствах в австрийском следственном изоляторе. Впрочем, ни сама Австрия, ни Венгрия, чей гражданин якобы был жертвой, таких претензий Хехтлу-Петровичу не предъявляли.
Маттез был завербован в 50-е годы и по видимому являлся даже не «кротом», а «тройным» агентом — сотрудником разведуправления австрийской армии и агентом МВД ЧССР и одновременно Управления госбезопасности Югославии. Учитывая, что австрийская разведка тесно сотрудничала с западногерманской БНД, информация Маттеза реализовывалась и Главным управлением разведки МГБ ГДР и ПГУ КГБ. Маттез работал в РУАА до середины 70-х, а после отставки нанялся в Центр Симона Визенталя.
До 1959 года британская СИС продолжала пользоваться созданной в годы войны агентурной сетью бывшей чехословацкой разведслужбы в Лондоне. I Управлению МВД удалось завербовать одного из ее сотрудников Карела Збайтека, который за материальное вознаграждение передал в Прагу информацию почти обо всех агентах.
Мы уже упоминали о том, что чешской научно-технической разведке в 1959 году удалось добыть элементы электронной начинки английского стратегического бомбардировщика «Вулкан». Через контакты чешской резидентуры в Токио в 80-е годы ПГУ КГБ смогло добыть образцы радиопоглощающей краски и документацию на истребитель F-15.