Вскоре выяснилось, что ФБР совершило грубую оплошность: Кёхер дал свои признательные показания лишь после того, как дознаватели, пойдя на его уловку, пообещали ему иммунитет от судебного преследования, поэтому его признание не имело юридической силы. Кроме того, его жене было отказано в праве на адвоката несмотря на её неоднократные требования о его предоставлении, что, согласно официальному сообщению, вынудило чиновников Министерства юстиции США отклонить обвинение против неё. Гана отказалась давать показания против Карела, сославшись на право супругов не свидетельствовать друг против друга, хотя сторона обвинения утверждала о неприменимости этого права в том случае, если супруги являются соучастниками преступления. С учётом недостаточного количества конкретных улик против обвиняемого казалось, что Кёхер имел хороший шанс быть оправданным.
К тому же во время содержания в тюрьме на задержанного было совершено покушение со стороны неназванного заключённого, который попытался заколоть его. Заключённому, предположительно набросившемуся на Карела с ножницами, по словам пострадавшего, помешал Сэнди Александер, член байкерской группировки «Ангелы ада» (англ.: Hells Angels). Сам чех заявляет, что напавший на него был переведён в другую тюрьму, и спустя несколько лет найти его уже не удалось.
Кёхер, испытывавший беспокойство за свою судьбу, передал через своего адвоката просьбу о том, чтобы его включили в список арестованных советских агентов для обмена на американских шпионов. Председатель КГБ В. А. Крючков дал на это своё согласие, как и прокуратура США, которую беспокоила возможность вынесения обвиняемому оправдательного приговора. Кёхер признал себя виновным по обвинению в заговоре с целью шпионажа в пользу Чехословакии, и был приговорён к пожизненному тюремному заключению, хотя срок заключения мог быть ограничен временем, уже проведённым им в предварительном заключении, при условии, что он покинет США и никогда не вернётся обратно.
11 февраля 1986 года Карел и его жена были обменяны на мосту Глинике на диссидента Натана Щаранского.
Кёхеры вернулись в Чехословакию как герои. Правительство страны подарило Карелу дом и автомобиль «Вольво», он получил должность в Институте экономического прогнозирования Академии наук ЧССР.
В 1990 году он вышел на пенсию. В настоящее время чета Кёхеров проживают в Чешской Республике, оставаясь в относительной безвестности.
Вместо заключения
«Разведка — святое, идеальное для нас дело»
«Лихие 90-е»
После неудачной попытки переворота 19–21 августа 1991 года начался процесс расчленения КГБ на разные ведомства. Самостоятельность предстояло обрести и Первому Главному управлению.
30 сентября 1991 года начальником ПГУ — первым заместителем председателя стал член Совета Безопасности СССР, бывший член Президентского Совета СССР и кандидат в члены Политбюро академик
6 ноября 1991 года Е. М. Примаков был назначен директором ЦСР.2 декабря был назначен его первый заместитель — им стал бывший начальник американского отдела ПГУ генерал-майор В. И. Трубников.5 декабря заместителями директора ЦСР стали генерал-майоры Владимир Михайлович Рожков — бывший первый заместитель начальника ПГУ,
25 ноября 1991 года указом президента СССР Горбачева было введено в действие «Временное положение о Центральной службе разведки СССР». Оно было типичным примером борьбы между президентами Союза и России — борьбы, уже фактически проигранной Горбачевым. Предполагалось, что ЦСР будет обслуживать одновременно и Советский Союз (все еще существующий de jure), и Россию и остальные суверенные государства, возникшие на месте союзных республик и будет взаимодейстовать с разведками, созданными в этих государствах.