Заместители начальника нового Главка Г. Б. Овакимян, А. М. Коротков и П. М. Журавлев и большинство начальников подразделений хорошо знакомы нам по довоенным и военным временам — все они были опытнейшими разведчиками, оставившая яркий след в истории внешней разведки. Заместитель начальника Главка генерал-лейтенант П. П. Тимофеев, пришедший в ЧК еще в 1919 году, в годы войны возглавлявший немецкий отдел 2-го Управления НКГБ — НКВД и отдел зафронтовой разведки ГУКР СМЕРШ, а затем с конца 1943 года работавший помощником самого Абакумова. Генералы Зарелуа и Белкин не имели разведывательного опыта и являлись кадровыми сотрудниками СМЕРШа. Однако следует заметить, что страны, относящиеся к их сфере ответственности, были в большинстве своем разрушены войной и оккупированы советскими, английскими или американскими войсками, их государственность лишь начала восстанавливаться, поэтому специфика работы разведки в них мало отличалась от хорошо освоенной СМЕРШем работы в прифронтовой полосе.
Таким образом, центральный аппарат сохранил высокопрофессиональный и вместе с тем довольно аполитичный в смысле соперничества Абакумова и Берия «костяк» кадровых разведчиков в среднем звене под руководством лояльных к противникам Берия контрразведчиков Кубаткина и Тимофеева.
Вместе с тем, никакие подковерные кадровые игры ни в коем случае не могли полностью свести на нет участие Берия в работе Главного управления. Не следует забывать, что одной из приоритетнейших задач разведки в этот период являлась внедрение в англо-американский атомный проект, которое осуществлялось именно в интересах возглавляемого Берия Спецкомитета при Совете Министров СССР. Это направление Спецкомитет курировал совершенно официально через самостоятельный отдел «С» возглавляемый генерал-лейтенантом П. А. Судоплатовым.
Эта команда, однако, продержалась недолго. Кубаткин новую должность явно «не тянул». Он практически не оставил следа в истории разведки, поэтому о конкретных причинах его отставки приходится только гадать, но факт остается фактом — менее чем через три месяца он был отозван в распоряжение Управления кадров МГБ, а на его место был переведен начальник контрразведки генерал-лейтенант П. В. Федотов, ставший по совместительству заместителем министра. В очерке историка внешней разведки В. С. Антонова упоминается, что причиной мог стать рапорт Кубаткина «по собственному желанию». Это действительно возможно — разведка переживала непростые времена, связанные не только с организационными мероприятиями, но и с ликвидацией последствий тяжелого провала нелегальной сети в США и непрофессионал, к тому же, вероятно, впервые столкнувшийся с атомной тематикой, вполне мог отказаться от столь неподъемной работы.
Другая версия, которая почти дословно фигурирует в нескольких жизнеописаниях Кубаткина от разных авторов — о том, что его смещение с поста начальника разведки могло быть следствием «ленинградского дела», которое якобы раскручивалось именно в это время — не выдерживает никакой критики. Да, действительно, 3 года спустя он будет арестован и впоследствии расстрелян именно как пособник «ленинградской группировки», но дело в том, что ни в 1946 году, ни в 1947, ни вообще когда-либо при жизни Жданова этого дела не существовало и в помине.
Так или иначе, единственным сколько-нибудь значимым наследием Кубаткина стал перевод в ПГУ ряда сотрудников Ленинградского УМГБ, занявших впоследствии руководящие должности: как например будущий начальник разведки
Небезынтересно сравнить служебные характеристики Кубаткина и его преемника Федотова.
При назначении Кубаткина на следующую должность начальника УМГБ по Горьковской области (конец 1946 года) замминистра по кадрам М. Г. Свинелупов писал:
А вот характеристика на Федотова, написанная во времена его службы на Северном Кавказе в 20-е — 30-е годы.