Структура КИ, реконструированная на основе имеющеихся публикаций имела следующий вид:
Секретариат
1-е Управление (англо-американское)
2-е Управление (европейское)
3-е Управление (восточное)
4-е Управление (нелегальной разведки)
5-е Управление (информация, дезинформация, научно-техническая разведка)
6-е Управление (военной разведки)
7-е Управление (шифровальное)
1-й отдел (использование министерств и ведомств СССР в разведывательных целях)
2-й отдел (эмиграция, перемещенные лица)
Бюро по выездам за границу и въездам в СССР при СМ СССР
Отдел опертехники
Отдел связи
Административно-хозяйственный отдел
Финансовый отдел
Отдел кадров
Особая инспекция
Разведшкола (РАШ)[4]
В сентябре 1948 г. РАШ была преобразована в Высшую разведывательную школу.
Персональный состав КИ мы рассмотрим ниже. Пока же следует отметить распределение чекистов и военных разведчиков. В большинстве случаев руководителями подразделений (кроме 6-го Управления) назначались бывший сотрудники ПГУ МГБ, а за военными, как правило, закреплялись должности заместителей начальника Управлений или, в редких случаях, начальников отделов в составе Управлений.
В записке Сталину в сентябре 1947 г. Молотов предлагал в качестве задач КИ «срывать маски с антисоветской деятельности иностранных кругов, влиять на общественное мнение в других странах, компрометировать антисоветски настроенных политиков в иностранных правительствах».
Личный состав всех этих служб был сведен в единый аппарат, размещенный возле ВДНХ в зданиях, где когда-то работал Исполком Коминтерна.
Для руководства разведаппаратами за рубежом в КИ был введен так называемый институт Главных резидентов, которыми, как правило, назначались послы или посланники. Первым таким Главным резидентом стал опытный чекист
Еще одним негативным фактором оказался отрыв КИ от территориальных структур разведки. Аналогом ПГУ на республиканском и областном уровне являлись 1-е Управления и отделы территориальных МГБ — УМГБ. Они выполняли второстепенные, но достаточно обширные задачи — в частности, по разработке национальной эмиграции — но тем не менее передаче в КИ не подлежали.
Новая организация разведки не устраивала ни МГБ ни военных. Явно подчиненное положение военных разведчиков дало повод министру вооруженных сил Н. А. Булганину обрушится на новое ведомство с критикой. К началу 1949 года, когда позиции Молотова в кремлевском руководстве были подорваны из-за ареста его жены Полины Жемчужиной, эта атака возымела эффект. Сначала, 29 января 1949 г. КИ был переподчинен внешнеполитическому ведомству и стал именоваться КИ при МИД СССР. Согласно приказу:
В феврале 6-е Управление КИ вернулось в состав Генерального штаба, где после еще нескольких ступеней реорганизаций было восстановлено ГРУ. Наконец 3 марта сам Молотов оставил посты министра иностранных дел и председателя КИ.
19 мая руководство Комитетом ненадолго взял на себя новый министр А. Я. Вышинский, заместителями председателя в тот же день стали работники МИД заместитель министра Валериан Александрович Зорин и Чрезвычайный и Полномочный Посол в Греции (а также бывший начальник Разведуправления ВМФ) контр-адмирал Константин Константинович Родионов. Тогда же был введен институт членов Комитета информации[5].1 июня 1949 г. Бюро по выездам за границу и въездам в СССР при СМ СССР передано из КИ в подчинение ЦК ВКП(б) и преобразовано в Комиссию по выездам за границу при ЦК ВКП(б).