2 августа 1949 г. Вышинский уступил пост председателя Комитета своему заместителю по обоим линиям — МИД и КИ — В. А. Зорину.20 августа был назначен новый первый заместитель председателя КИ — генерал-лейтенант С. Р. Савченко, кадровый чекист, пришедший с поста министра госбезопасности Украины. Он взял на себя фактическое руководство оперативными подразделениями разведки.
Осенью того же года министр госбезопасности СССР В. С. Абакумов добился возвращения в МГБ минимально необходимых для организации единого контрразведывательного процесса функций работы по эмиграции и обслуживания советской колонии. Приказом МГБ СССР № 00333 от 17 октября 1949 года на базе 2-го отдела КИ и подразделений оперативных Управлений КИ, занятых работой по совколонии было создано 1-е Управление МГБ.
В марте 1950 г. К. К. Родионов, который несмотря на назначение так и не приехал в Москву и все это время оставался в Греции, был снят с должности заместителя председателя КИ и переведен Чрезвычайным и Полномочным послом в Швецию. Вместо него были назначены два заместителя председателя из числа кадровых сотрудников внешней разведки НКВД — МГБ — генерал-майор П. М. Журавлев и полковник В. П. Рощин. В эти же дни произошли кадровые перестановки в неоперативных подразделениях — секретариате, информационном управлении, отделе кадров, разведшколе и т. д. (подробнее см. ниже). Также в 1950 г.4-й отдел 5-го Управления, занимавшийся научно-технической разведкой, был преобразован во 2-й отдел КИ.
В апреле 1950 г. решением Политбюро для «взаимной помощи в разведывательной работе против капиталистических государств и клики Тито в Югославии» при разведывательных службах стран народной демократии — Албании, Болгарии, Венгрии, Китая, КНДР, Монголии, Польши и Чехословакии (в ГДР разведка, и, соответсвенно, представительство КИ были созданы позже) — были созданы представительства КИ.
Подразделениями КИ руководили:
Главные секретари —
Англо-американское. Начальники —
Европейское. Начальник —
Восточное. Начальник —
Нелегальная разведка. Начальники —
Информация, дезинформация, до 1950 г. также научно-техническая разведка. Начальники —
Военная разведка (до 2.49). Начальник — М. Ф. Панфилов (24.7.49–29.1.49)
Шифровальное. Начальники неизвестны.
Использование министерств и ведомств СССР в разведывательных целях. Начальник —
Эмиграция, перемещенные лица (до 1949). Начальник —
Научно-техническая разведка (c 1950). Начальники —
Начальник —
Начальники — А. Ф. Сененков (7.47–25.9.51),
Начальники —
В таком виде Комитет просуществовал до конца 1951 года, когда его оперативные управления и отделы вернулись в МГБ. Эксперимент оказался явно неудачным, однако имел и положительные стороны — нахождение в составе МИДа уберегло внешнюю разведку от последствий чистки, которая летом 1951 года развернулась на площади Дзержинского.
Последние шаги Сталина
Как отмечалось выше, в октябре 1949 г. в МГБ было создано новое 1-е Управление. На него было возложено контрразведывательное обеспечение совколоний и выявление и пресечение подрывной деятельности контрразведывательных органов капиталистических стран и эмигрантских центров, направленной против СССР.
Управлением руководили генерал-майоры