Отношение к применению «юнкерсов» изменилось в 1943 г., когда резко увеличилась интенсивность бомбардировок Германии авиацией союзников. Ju-88C-6 начали использовать в качестве перехватчиков, в том числе ночных, устанавливая на них РЛС «Лихтенштейн» разных моделей (FuG-202, FuG-212 С-1 или FuG-220 SN-2). Часть самолетов дополнительно вооружили парой пушек МG-151/20 в установке «Шрэге музик». Активное использование радиолокационных ночных истребителей, значительную долю которых составляли Ju-88, принесло свои плоды – 21 января 1944 г. британская бомбардировочная авиация потеряла 55 машин из 648 участвовавших в налете на Магдебург, 19 февраля над Лейпцигом – 78 из 823, а 30 марта было сбито 94 бомбардировщика из 795 самолетов, совершивших налет на Нюрнберг, причем бо́льшая часть сбитых была на счету Ju-88C. В итоге британское командование, сочтя, что потеря более чем 10 % самолетов – слишком высокая цена, приостановило бомбардировки рейха.
К этому времени истребительный вариант «восемьдесят восьмого» был модернизирован. Сначала были выпущены Ju-88R1 и Ju-88R2, получившие двигатели BMW-801МА и BMW-801D мощностью 1600 и 1700 л. с. соответственно. Весной 1944 г. был начат выпуск ночного истребителя Ju-88G. Последняя истребительная модификация Ju-88 имела ряд особенностей. Самолет получил хвостовое оперение большей площади, обеспечивавшее лучшую устойчивость на малых скоростях. Оружейная гондола в носовой части была убрана, а вооружение, состоявшее теперь из четырех 20-мм пушек МG-151/20, разместилось в обтекателе, установленном на месте бомбоотсека. Сохранилась и установка «Шрэге музик». Наружные бомбодержатели позволяли также подвешивать дополнительные топливные баки. Первоначально на самолет устанавливались двигатели BMW-801, но начиная с серии Ju-88G-6C их сменили моторы жидкостного охлаждения «Юмо-213» мощностью 1600 л. с. Скорость самолета достигала 550 км/ч, а последняя модель – Ju-88G-7 с системой впрыска МW-50 – летала со скоростью 643 км/ч.
Ночной истребитель «Junkers» Ju-88G
Истребители серии Ju-88G-1 оснащались также станцией FuG-227 «Фленсбург» – пеленгатором излучения локатора оповещения «Моника», установленного на британских бомбардировщиках. Но после того как в руки англичан попали два заблудившихся «юнкерса» – 9 мая 1943 г. на аэродроме Дайс приземлился Ju-88R-1, а 13 июля 1944 г. в Вудбридже – Ju-88G-1 – немецкое радиооборудование было тщательно изучено, и «Моники» с бомбардировщиков британские авиаторы сняли, а излучение радара «Лихтенштейн» SN-2 стали успешно подавлять.
Еще одной модификацией стали тяжелые пушечные истребители серии Ju-88Р, предназначенные в первую очередь для борьбы с танками. В 1943 г. первым из них на вооружение поступил Ju-88Р-1, оснащенный подфюзеляжным контейнером с 75-мм пушкой BK-7,5, созданной на основе противотанкового орудия РАК-40. Позже появилась модификация Р-2, вооруженная спаренной 37-мм пушкой на базе зенитной FlaK-38, и Р-4 с 50-мм пушкой ВК-5. Но широкого распространения эти самолеты, чересчур неповоротливые и неспособные действовать без прикрытия истребителей сопровождения, не получили.
К концу войны в производстве Ju-88 разных типов преобладали уже истребители, которых было выпущено более 3900 машин.
«Dornier» Do-17Z-10
Совместно с «юнкерсами» в подразделениях тяжелых истребителей несли службу и самолеты, созданные на базе бомбардировщиков компании «Дорнье Флюгцойгверке». Первыми из них стали 9 самолетов Do-17Z-10 «Кауц» («Сова-сипуха»). Истребители несли вооружение, состоящее из двух 20-мм пушек MG-FF и четырех 7,92-мм пулеметов MG-17, и оснащались инфракрасным прибором ночного видения. Самолет не отличался высокой скоростью, но на тот момент большее значение придавалось дальности полета, достигавшей у машины Клаудиуса Дорнье 1500 км. Предполагалось, что ночные истребители будут уничтожать самолеты противника непосредственно над его же территорией и одновременно наносить удары по аэродромам их базирования.
Первую воздушную победу над бомбардировщиком «веллингтон» Do-17Z-10 одержал 19 октября 1940 г. В течение года ночные истребители группы, в которую входили Do-17Z-10 и Ju-88С, сбили 51 британский самолет ценой потери 25 своих.
Руководство люфтваффе пока все еще не придавало высокого значения ночным истребителям. Тем не менее вдохновленный успехом К. Дорнье повторил эксперимент с переоборудованием в ночной истребитель со следующим своим бомбардировщиком Do-215.