С конца июня 1941 г. основные направления деятельности военных контрразведчиков диктовались обстановкой на фронтах и в тыловых районах СССР. Анализ постановлений, приказов и директив начала войны свидетельствует о том, что их главной задачей было контрразведывательное обеспечении частей и подразделений действующей армии.
В связи с резко менявшейся обстановкой, с возможным неудачным исходом боев армий прикрытия в приграничном сражении и отступлением частей Красной армии 24 июня НКГБ СССР издал новую директиву № 136 «О задачах органов безопасности в условиях военного времени», направленную Меркуловым в Киев, Минск, Ригу, Таллин, Кишинев, Ленинград, Петрозаводск и Мурманск. В ней отмечалось, что «…в условиях военного времени органы НКГБ должны еще тверже стоять на своем посту, действуя в тесном контакте с командованием частей Красной армии и рационально используя совместно с органами Наркомвнудела, чекистские оперативные войска». Управлениям НКГБ было предложено: форсировать эвакуацию арестованных, в первую очередь из районов, в которых создалось напряженное положение; архивные материалы и другие секретные документы, не являющиеся необходимыми для текущей оперативной работы, тщательно упаковать и отправить в тыловые органы НКГБ под надежной охраной; особо охранять шифры, совершенно исключив возможность попадания их в руки противника; ни в коем случае не покидать обслуживаемой территории без специального разрешения вышестоящих органов НКГБ, виновные в самовольной эвакуации, не вызванной крайней необходимостью, будут отданы под суд. Совместно с органами НКВД сотрудники НКГБ должны были организовать решительную борьбу с парашютными десантами противника, диверсантами и бандитами, повстанческими группами, контрреволюционными элементами; в каждом органе НКГБ следовало создать крепкие, хорошо вооруженные оперативные группы с задачей быстро и решительно пресекать всякого рода антисоветские проявления, особое внимание обратив на организацию связи, принимая все необходимые меры, чтобы быть в курсе происходящих событий, в частности, знать, в каком состоянии находится тот или иной периферийный орган НКГБ; не реже двух раз в сутки информировать НКГБ СССР всеми доступными способами о положении дел на местах; решительно пресекать малейшие проявления паники и растерянности среди оперативного состава органов НКГБ, арестовывая паникеров и трусов. В работе с агентурой было предложено не ослаблять связи, тщательно проверять получаемые материалы, выявляя двурушников и предателей; при отходе войск оставлять агентуру на местах, поникать в глубь расположения войск противника, вести подрывную, диверсионную работу, при возможности обуславливая формы и способы связи с ними[202]
.Неустойчивость воинских частей, несанкционированное отступление с занимаемых позиций, паника среди личного состава вызвали к жизни 27 июня 1941 г. директиву № 35523 3-го Управления НКО, подписанную А.Н. Михеевым органам 3-го Управления НКО, работа которых в военное время должна слагаться из агентурно-оперативных мероприятий в частях Красной армии, в тылах, обеспечивающих действующие на фронте части, и среди гражданского окружения, борьбы с дезертирством, работы на территории противника, в частях Красной армии на флоте – из работы с агентурно-осведомительным аппаратом и оперативно-профилактической деятельности.
Своей оперативной работой военные чекисты должны были не допускать в армию вражеские элементы и очищать ее от них; вскрывать факты вражеских действий и принимать все меры вплоть до ареста; вести борьбу с диверсантами противника, по выявленным недочетам информировать командование и добиваться устранения выявленных недостатков. Они были обязаны проводить дознание, расследовать преступную деятельность как военных, так и гражданских лиц, связанных с военными. С помощью командования было приказано создать на железнодорожных узлах, на дорогах подвижные контрольно-заградительные отряды для задержания дезертиров и всех подозрительных элементов, проникших через линию фронта[203]
.28 июня 1941 г. нарком ГБ СССР Меркулов в меморандуме на имя наркомов НКГБ, союзных и автономных республик, нач. УНКГБ краев и областей указал не необходимость активизации борьбы с распространением провокационных слухов[204]
.