Преступная беспечность военного руководства привела к тому, что в войсках не хватало самого необходимого. Сотрудники ОО сообщали ГКО о том, что расположенные вокруг Таллина четыре 100-мм батареи бездействуют, так как к их орудиям нет ни одного снаряда. Но город упорно защищался. В последние дни обороны Таллина чекисты вместе с морскими пехотинцами в течение нескольких дней удерживали ряд опорных пунктов и были эвакуированы из города одними из последних. Около 70 % личного состава органов госбезопасности погибли в ходе боев и эвакуации из г. Таллина. Оставшиеся в живых были направлены в органы военной контрразведки и территориальные подразделения НКВД Ленинградской и Калининской областей[194]
. При взятии города к фашистам в плен попало 12 тыс. красноармейцев, еще больше осталось в окружении. Они пытались небольшими группами или в одиночку прорваться к своим через р. Нарову, но «лесные братья» и боевики «Омакайтсе» устраивали на них облавы, в ходе которых попало в плен около 27 тыс. советских военнослужащих, погибло более 2,5 тыс.[195].В Эстонии работа чекистов была организована по-другому, чем в Латвии и Литве. В связи с тем, что немецкая армия начала наступление на территорию республики почти через месяц после начала войны, они хорошо подготовились к боевым действиям, активизировав оперативную работу. Но возникли серьезные трудности в работе с агентурой. Регулярная связь с большинством источников была нарушена. Многие агенты были призваны в армию или эвакуированы из ЭССР в тыловые районы. Сотрудники органов госбезопасности Прибалтики оперативной работой фактически не занимались, так же как и подготовкой к предстоящей деятельности на оккупированной территории. Они становились бойцами истребительных и заградительных отрядов. 4 июля 1941 г. истребительная группа в 70 человек под командованием капитана Григорьева ликвидировала банду в уезде Харью-Яни, уничтожив восемь бандитов и захватив 12 в плен. Истребительный батальон г. Острова 5 июля совместно с частями Красной армии принял участие в отражении атаки немецких танков. К 7 июля 1941 г. истребительным батальоном НКВД Эстонской ССР в боевых столкновения ликвидировано 149 бандитов, из них убито 135, захвачено 14, при этом изъято 200 единиц нарезного оружия, боеприпасы, ВВ, радиопередатчик и приемник, пять автомашин[196]
.ОО НКВД проводили оперативные мероприятия по выявлению и ликвидации бандитских элементов и формирований. Так, 15 июля 1941 г. заградотрядом в районе расположения 320-го сп были пойманы два шпиона из местного населения, которые сообщали противнику о расположении частей Красной армии. Шпионы были расстреляны на месте. Такая же судьбе постигла и трех задержанных местных жителей с телефонным аппаратом. Они включались в провода связи с целью подслушивания разговоров.
В начале войны на сторону вермахта переходили целыми подразделениями прибалтийские формирования. Снижали боеспособность частей и ошибки кадрового состава Красной армии. Неизвестно, по какой причине и по какой необходимости части, расположенные непосредственно в ближайшей полосе к границе, оказались укомплектованы в ряде случаев на 30 % контингентом жителей западных областей, который являлся источником панического настроения и бегства и даже вражеских проявлений. Еще до начала военных действий в частях, где они проходили службу, отмечались многочисленные случаи различных антисоветских проявлений, дезертирства, измены Родине. Среди них значительный процент составляли лица, состоявших ранее в антисоветских и националистических организациях. Многие жители этих районов стали активнее в преступной деятельности, в распространении провокационных слухов, пораженческих настроениях и дезертирстве, которые приняли массовый характер. Свое пребывание на передовых позициях они считали наиболее удобным местом для предательства и прямой измены. Но во многих частях продолжалась практика посылки в разведку и боевое охранение непроверенных бойцов, семьи которых проживали на территории, занятой немцами.
22 июня 1941 г. в 29-м Литовском территориальном ск РККА начались убийства командиров (не литовцев) и массовое дезертирство – из 16 тыс. военнослужащих с частями Красной армии отступили лишь 2 тыс. человек. При вступлении немецких войск в Литву три или четыре вооруженных литовских батальона – дезертировавшие красноармейцы и милиционеры – предложили немецкому командованию свои услуги и были включены в состав вермахта[197]
.