Особое значение для чекистов имела совместная директива ЦК ВКП (б) и СНК СССР № П509 от 29 июня 1941 г. всем партийным и советским организациям прифронтовых областей, определившая основные задачи в партийно-государственных органов в условиях войны[205]
. На основе данной директивы каждый наркомат четко сформулировал приоритеты своей деятельности. Так, на органы внутренних дел возлагались борьба с дезертирством, мародерством, очистка городов и оборонно-хозяйственных пунктов от преступных и антисоветски настроенных элементов; выявление и изоляция агентов вражеских спецслужб, паникеров и распространителей пораженческих слухов; охрана государственных и промышленных объектов, железнодорожного и водного транспорта; борьба с хищениями эвакуируемых и военных грузов, разгрузка транспортных путей от пассажиров, чье передвижение не было связано с военной или хозяйственной необходимостью; обеспечение организованной эвакуации населения, промышленных предприятии, различных хозяйственных грузов. Кроме того, органы НКВД, как было сказано выше, обеспечивали проведение в жизнь приказов и распоряжений военных властей, регламентировавших режим военного положения. Весь комплекс этих новых задач не освобождал НКВД от выполнения своих основных функций – охраны общественного порядка и безопасности граждан, борьбы с преступностью и нарушениями административного и уголовного законодательства, изоляции и трудового использования лиц, признанных преступниками.1 июля 1941 г. НКГБ СССР была принята директива № 168 «О задачах органов госбезопасности в условиях военного времени», дополнявшие и конкретизировавшие предыдущие указания. В ней говорилось: «Чекистский аппарат, как гласный, так и секретный, должен быть подготовлен для активной борьбы с врагом в любых условиях, в том числе в подпольных. В этих целях было приказано: весь негласный штатный аппарат НКГБ, сохранившийся от расшифровки, подготовить для оставления на территории в случае занятия ее врагом для нелегальной работы против захватчиков. Аппарат должен быть разделен на небольшие резидентуры, которые должны быть связаны как с подпольными организациями ВКП (б), так и с соответствующими органами НКГБ на территории СССР. Способы связи должны быть заблаговременно определены. Перед резидентами поставить задачу организации диверсионно-террористической и разведывательной работы против врага. Из нерасшифрованной агентурно-осведомительной сети также составить отдельные самостоятельные резидентуры, которые должны вести активную борьбу с врагом. В качестве одного из методов зашифровки агентуры, оставляемой на занятой врагом территории, практиковать фиктивные аресты и заключение в тюрьму якобы за антигосударственные преступления отдельных влиятельных агентов, осведомителей.
В директиве еще раз было подчеркнуто, что «в случае вынужденного отхода частей Красной армии работники органов НКГБ обязаны до последней минуты оставаться на своих боевых постах в городах и селах, борясь с врагом всеми возможными способами до последней капли крови». Эвакуироваться разрешалось только с последними частями Красной армии, предварительно приняв исчерпывающие меры по проверке, насколько тщательно уничтожено на занимаемой противником территории все, что могло бы оказаться полезным врагу[206]
.Следовательно, для противостояния спецслужбам противника руководство НКО, НКГБ и НКВД начало разработку единой системы борьбы с подрывной деятельностью немецко-нацистских разведывательных органов. Она включала в себя не только оперативные и заградительные, но и профилактические мероприятия. В дальнейшем эта работа была завершена УОО НКВД с учетом опыта приграничного сражения.