Уже 22 июня 1941 г., в соответствии с указаниями наркомов госбезопасности и внутренних дел, на местах были созданы специальные Оперативные штабы в составе зам. нач. УНКВД и УНКГБ областей, нач. управлений пожарной охраны УНКВД, нач. управлений пограничных или оперативных войск НКВД. Перед штабами стояла задача объединить все усилия по борьбе с вражеской агентурой и преступностью в одном органе, улучшить взаимодействие спецслужб по осуществлению правоохранительной деятельности[241]
. На основании Постановления СНК СССР от 24 июня «О мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника в прифронтовой полосе» в НКВД СССР приказом от 25 июня 1941 г. был образован Штаб, а на базе территориальных органов НКВД по всей линии государственной границы, ставших прифронтовыми – оперативные группы. На Штаб НКВД СССР и подчиненные ему оперативные группы возлагалось в течение 24 часов совместно с органами НКВД создание истребительных батальонов численностью от 100 до 200 человек с подчинением их территориальным органам[242].Оперативные группы начали играть важную роль и в добывании разведывательной информации. Им ставились общие и целевые разведывательные задачи. Общая задача заключалась в непрерывном сборе любой информации о противнике. Целевые разведывательные задачи состояли в сборе информации о конкретных объектах или в добывании определенных сведений. Разведывательные задачи агенты выполняли путем наблюдения (визуальная разведка), выведывания, анализа оккупационной прессы. Они вели как кратковременное, так и долговременное наблюдение. Наилучшие результаты достигались в тех случаях, когда агент продолжительное время наблюдал за объектом. Чаще всего долговременное наблюдение устанавливалось за объектами железных дорог, где проходили воинские эшелоны противника. Чекисты получали сведения и от работавших в различных оккупационных учреждениях агентов и советских патриотов, а также в результате организации засад, налетов, опроса местных жителей и проведения других разведывательных мероприятии. Но в первые недели войны опергруппы в большей мере занимались поддержанием порядка на переправах и железнодорожных станциях, находившихся в непосредственной близости от линии фронта: продвигали эшелоны и транспорты с людьми, оружием и боеприпасами на передовую, а с ранеными, детьми, женщинами и стариками – в тыл.
Оперативные группы военной контрразведки создавались и в чрезвычайных ситуациях, как это было в Белостоке, но они в начале войны не были постоянной структурой, а создавались самими сотрудниками исходя из оперативной обстановки.
5 июля 1941 г. в Белоруссии при 1-м Управлении НКГБ БССР была создана группа военной разведки из «наиболее смелых и развитых» негласных работников 3-х отделов в количестве 23 человек. В начале августа в Ленинградской области образована оперативная группа по руководству партизанским движением в оккупированных районах в составе: секретарь обкома ВКП (б) Г.X. Бумагина, зав. военным отделом обкома М.Ф. Алексеева и сотрудника УНКГБ по Ленинградской области Л.И. Кожевникова. 27 сентября эта группа была преобразована в Ленинградский штаб партизанского движения во главе с секретарем обкома ВКП (б) М.Н. Никитиным. К 1941 г. уже действовали 287 партизанских отрядов общей численностью до 18 тыс. человек[243]
.Решения территориальных и военных органов госбезопасности свидетельствовали лишь о том, что начался поиск наиболее приемлемой их организации в условиях войны. Но обстановка требовала коренных реформ всего аппарата, прежде всего военной контрразведки. С 27 июня 1941 г. для коренного улучшения работы и качества информации начальник 3-го Управления НКО СССР майор ГБ А.Н. Михеев фактически начал внутреннюю частичную реорганизацию третьих отделов округов и армий по новым штатам, создание там контрразведывательных аппаратов. Исходя из анализа обстановки, он указывал на необходимость усиления агентурно-оперативной работы органов 3-го Управления и дополнительных мероприятий, обеспечивающих охрану, государственную безопасность и боеспособность частей Красной армии.
5 июля 1941 г. Л.П. Берия подписал приказ № 00882 о создании при НКВД СССР Особой группы НКВД (первого соединения отечественного «спецназа») для выполнения специальных заданий: ведение разведывательных операций против Германии и ее союзников, организация партизанской войны, создание агентурной сети на территориях, находившихся под немецкой оккупацией, руководство специальными радиоиграми с немецкой разведкой с целью дезинформации противника. Группу возглавили майор ГБ П.А. Судоплатов и его зам., майор ГБ Н.И. Эйтингон, и с 3 октября 1941 г. начальник 2-го (Дальневосточного отдела) 1-го Управления НКВД старший майор ГБ Н. Мельников[244]
. Группа была подчинена непосредственно наркому[245].