Мотомангруппы, как правило, в своём составе имели 2–4 пограничные заставы на бронетранспортёрах или боевых машинах пехоты, миномётные батареи, противотанковые, инженерно-сапёрные взводы, подразделения связи, тылового и медицинского обеспечения. Общая численность личного состава составляла от 200 до 400 человек. Для обеспечения бесперебойной жизнедеятельности загранобъектов активно использовалась пограничная авиация. По линии военной контрразведки за каждой мотомангруппой, десантно-штурмовой мангруппой закреплялся оперативный сотрудник Особого отдела в должности не ниже старшего оперуполномоченного.
«Весной 1980 года было принято решение о вводе на территорию Малого Афганского Памира подразделений Восточного пограничного округа. Их основу составили штатные мотоманевренные группы пограничных отрядов. В мае 1980 года они должны были пересечь государственную границу СССР с Афганистаном и выйти в районы Базаи-Гумбад и Сархад с задачей прикрыть со стороны Афганистана выходы к границе СССР и горные перевалы со стороны Пакистана, исключив тем самым возможный выход с пакистанской территории боевых формирований душманов на территорию Малого Афганского Памира.
Перед Особым отделом КГБ СССР по Мургабскому пограничному отряду поставлена задача в короткий срок подготовить оперативный состав отдела и все имеющиеся оперативные силы и средства к действиям в боевой обстановке на территории сопредельного государства.
У руководства и оперативных работников отдела такого опыта не имелось. Однако, благодаря имевшемуся мобилизационному плану развёртывания отдела для работы при обострении обстановки на границе, работа была проведена успешно и, как показали в последующем результаты контрразведывательной деятельности на территории Афганистана, принятые Особым отделом меры оказались эффективными, обоснованными и целесообразными.
В связи с тем, что пограничные подразделения вводились в Афганистан под видом подразделений Советской Армии, перед военными контрразведчиками стояла задача исключить утечку данных о подготовке пограничных подразделений для ввода а Афганистан. С этой целью совместно с командованием отряда разработан и осуществлён комплекс мероприятий, в том числе по доведению до местного населения кишлака Мургаб, где дислоцировались подразделения погранотряда, легенды прикрытия. Активизирована работа с оперативными источниками, как в окружении, так и в подразделениях отряда по выявлению возможных попыток получения противником информации об истинных целях мероприятий, проводимых в отряде и каналах возможной утечки такой информации.
Накануне ввода подразделений в Афганистан с привлечением подразделений радиоконтрразведки осуществлён контроль эфира по выявлению возможных агентурных радиоканалов связи, как в ближайшем окружении пограничного отряда, так и на маршрутах выдвижения подразделений.
После выставления группировок в Базаи-Гумбаде и Сархаде остро встал вопрос об оперативной работе в окружении объектов, так как по поступавшей из различных источников информации, душманы активно пытались получить сведения об обороне объектов и замыслах пограничного командования. Данные об устремлениях противника, возможной осведомлённости и его агентурных источниках можно было получить, только приобретя источники информации среди местных жителей. На этом направлении и были, в первую очередь, сосредоточены усилия оперативного состава. Во многом помогало решать задачу и тесное взаимодействие с офицерами разведподразделения пограничного отряда.
Поступавшая информация позволяла своевременно информировать командование и принимать меры по исключению внезапного нападения на группировки.
Почти за девять лет нахождения подразделений Мургабского отряда на территории Афганистана на них не было ни одного нападения душманов, так же как и прохода бандформирований через контролируемые нами участки границы Афганистана с Пакистаном.
Немало сделано сотрудниками отдела и по предотвращению утрат и хищения оружия и боеприпасов, предупреждению небоевых потерь среди пограничников».
Основное внимание уделялось контрразведывательному обеспечению мотоманевренных групп, которые временно направлялись из других пограничных округов на боевую стажировку в ДРА в зону ответственности Среднеазиатского и Восточного пограничных округов.
Такие подразделения формировались на базе мотомангрупп или сборных подразделений соответствующего пограничного отряда с привлечением личного состава из других частей пограничного округа.