В случае обнаружения у захваченных бандитов или в схронах антисоветских материалов последние полностью изымались и уничтожались на месте, о чем политорганами составлялся соответствующий акт. Запрещался вывоз на территорию СССР антисоветских изданий в качестве образцов или передача их органам народной власти РА. Обнаруженные документальные материалы, представляющие оперативный интерес, после их предварительного изучения и оценки передавались органам безопасности РА для дальнейшего использования. В частности, захваченные в ходе боевой операции «Янтарь-84» на одной из душманских баз документальные материалы были переданы органам госбезопасности провинции Балх и использованы для разоблачения нескольких агентов закордонных центров исламских партий, которых арестовали, а затем судили.
Захваченное в бою трофейное оружие также передавалось представителям афганского командования или органам народной власти. По специальному разрешению отдельные образцы оружия, которые могли быть использованы в качестве доказательства поддержки США и их союзниками по НАТО, а также Пакистаном, Саудовской Аравией, афганской контрреволюции, вывозились на территорию СССР.
При поступлении данных о чрезвычайных происшествиях в войсках, ведущих боевые действия, оперработник принимал непосредственное участие в разбирательстве по ним, уделяя первостепенное внимание вопросам исследования версий возможной диверсионно-террористической деятельности противника и причастности к их осуществлению военнослужащих.
При всей разноплановости задач по контрразведывательному обеспечению боевых операций погранвойск в РА приоритетное место отводилось противодействию агентурной деятельности противника, который повсеместно использовал бандпособническую базу и созданную на её основе агентурно-осведомительную сеть.
Имеющиеся материалы, их анализ и накопленный опыт свидетельствовал, что наиболее активно противник использовал агентуру из представителей местных религиозных и родовых авторитетов, ополченцев и военнослужащих афганских вооружённых сил и Царандоя. Обладая возможностью контактировать с советскими военнослужащими, такая агентура стремилась путём выведывания, визуального наблюдения, подкупа и приобретения источников информации из военнослужащих получать достоверную информацию о сроках и районах проведения боевых операций, планах и замыслах советского командования, изменениях в тактике действий пограничных войск, вооружении и боевой технике.
Первоочередными объектами вербовочных устремлений противника являлись военнослужащие среднеазиатских национальностей, владеющие местными языками, придерживающиеся основных мусульманских традиций и обычаев. Особым отделом КГБ СССР по Восточному пограничному округу была выявлена и пресечена враждебная деятельность 2 таких лиц на загранобъектах в провинции Бадахшан, имевших задание от бандглаварей по сбору и передаче сведений о системе обороны и вооружении гарнизона, выводе из строя средств радиосвязи при нападении душманов на объект.
Изощрённость в проведении подрывных акций против войск, участие в их подготовке и реализации представителей спецслужб НАТО, Ирана, Пакистана и некоторых арабских государств требовали комплексного, хорошо продуманного подхода к противодействию их деятельности, сосредоточения усилий на своевременном вскрытии и пресечении агентурных устремлений вражеских спецслужб, а при необходимости – их перехвата и использования в интересах органов военной контрразведки. Примером такого подхода может служить работа Особого отдела по Оперативной группе САПО в Душанбе по одному из подразделений спецоргана КСИР Ирана, осуществлявшего разведывательно-подрывную деятельность против загранобъектов погранвойск округа в районе стыка границ трёх государств: СССР, Ирана, Афганистана. В результате были перехвачены и надёжно удерживались враждебные устремления агентуры иранских спецслужб, через которую длительное время целенаправленно доводилась дезинформация. Проведением активных чекистских мероприятий скомпрометированы перед КСИР Ирана ряд его кадровых сотрудников и агентов. В целом удалось сковать и нейтрализовать подрывную деятельность иранского спецоргана против загранобъектов и спецподразделений пограничных войск в зоне ответственности Тахта-Базарского пограничного отряда, создать благоприятные условия для организации дальнейшего противодействия деятельности иранской разведки после вывода советских войск с территории РА.
Контрразведывательная работа в течение всего периода пребывания погранвойск в Республике Афганистан явилась серьёзной проверкой оперативной и мобилизационной готовности руководителей и сотрудников, их способности решать задачи в острой, динамичной обстановке непосредственного соприкосновения с противником, при ведении войсками боевых действий по обеспечению безопасности границ СССР с позиций сопредельного государства. Многие руководители и оперативные работники проявили себя как мужественные сотрудники органов государственной безопасности, способные решать задачи в самых сложных условиях обстановки.