В связи с этим на этапах комплектования, развёртывания и боевого слаживания внимание уделялось изучению через имеющиеся негласные возможности личного состава и отвод от направления в места проведения боевых действий военнослужащих с низкими морально-политическими качествами. Кроме того, важное значение имело создание надёжных оперативных позиций, их психологической подготовке, формирования практических навыков действий в экстремальных ситуациях. С каждой мотоманевренной группой, направляющейся в ДРА, откомандировывался оперативный работник.
Большое внимание в работе военных контрразведчиков уделялось контрразведывательному обеспечению боевых операций, которые, как правило, проводились совместно с подразделениями МГБ, погранохраны, афганской армии и Царандоя, а также народного ополчения. Для их осуществления привлекались силы одной или нескольких мотомангрупп на боевой технике и в десантном варианте на вертолётах.
Действия подразделений пограничных войск в Афганистане в период проведения трансграничной операции носили, как правило, характер чекистско-войсковых операций по аналогии с проводимыми войсками НКВД в годы Великой Отечественной войны в тылу Действующей армии, а не черты классического общевойскового боя с такими обязательными элементами как оборона или наступление.
Оперативный работник, обслуживающий ММГ, ДШМГ, с момента подготовки к проведению боевой операции и до полного ее окончания находился в составе обслуживаемого подразделения. Опыт контрразведывательного обеспечения боевых действий показал, что на марше, при выдвижении на рубеж блокирования, десантировании подразделений оперативный работник должен быть в группе управления. Это позволяло ему постоянно следить за ходом развития боевой и оперативной обстановки. После прибытия в район проведения операции и в ходе осуществления боевых действий оперативный работник, исходя из складывающейся обстановки, перемещался вдоль боевых порядков, чтобы осуществить комплекс агентурно-оперативных мероприятий с личным составом. При этом неукоснительно соблюдались правила обеспечения собственной безопасности. Передвижения в разрывах боевых порядков производились только под охраной и на боевой технике или вертолёте.
При наличии в обслуживаемом подразделении переводчика, выделенного командованием для обеспечения работы Особого отдела, последний перемещался вместе с оперработником и, наряду с функцией обеспечения официальных и оперативных встреч с афганскими гражданами, осуществлял обеспечения личной безопасности сотрудника Особого отдела.
Связь со своим руководителем оперработник поддерживал по установленному графику, а при необходимости – немедленно. Для этого он имел свой индивидуальный позывной и был включён в перечень должностных лиц, имеющих право выхода на главную радиостанцию.
При захвате в ходе боевых действий пленных оперативный работник, как правило, участвовал в фильтрационной работе с ними для получения данных о противнике, его намерениях, наличии в бандах лиц и материалов, представляющих оперативный интерес для военной контрразведки.
В период проведения боевых операций и фильтрационной работы активно использовались специально подготовленные военнослужащие из лиц среднеазиатских национальностей со знанием языка, обычаев, традиций местного населения. Перед ними ставились задачи по выявлению среди задержанных участников бандформирований и их агентуры, перехвату на себя враждебных устремлений. Например, во время одной из операций с помощью военнослужащего, охранявшего задержанного афганца, подозревавшегося в связях с главарём банды, удалось склонить его к даче сведений о бандгруппе, что помогло подразделению успешно выполнить боевую задачу. В другом случае, скрыв знание языка, из разговора задержанных между собой этим же пограничником получены заслуживающие внимания данные, которые легли в основу операции по разгрому бандгруппы и уничтожению ракетных установок, подготовленных для обстрела советской территории.
Следует отметить, что умелый подбор, кропотливая работа с этим военнослужащим, его находчивость, наблюдательность, умение входить в контакт с подозреваемыми в связях со спецслужбами лицами позволили с его помощью выявить 7 агентов бандформирований, 6 из них были арестованы органами безопасности РА. Пресечены попытки склонения наших военнослужащих к измене Родине; вскрыто 5 вербовочных подходов к пограничникам; локализованы многочисленные факты распространения в армейской среде антисоветских и религиозных материалов. За проявленные инициативу и находчивость, умелое выполнение заданий военной контрразведки при проведении чекистско-войсковых операций командованием и Военным советом округа по инициативе Особого отдела негласный сотрудник был представлен к награждению орденом Красной Звезды и медалью «За боевые заслуги».
Много внимания оперативные работники уделяли ограждению личного состава от враждебных устремлений противника, предупреждению проникновения в армейскую среду материалов и изданий антисоветской, религиозной и иной негативной направленности.