Оставшись один, Устинов обратился к подготовленному Николаевым проекту приказа об организации контрразведывательной работы в боевых частях, академиях и военных училищах, на полигонах и в НИИ РВСН. Лаконичный стиль документа и отточенные фразы, а главное, предложенная им комплексная система контрразведывательных мер по борьбе со шпионажем, по защите секретов и надежному поддержанию боевой готовности и ядерной безопасности не вызывала сомнений в своей действенности. Камнем преткновения, как это и отмечал Николаев, являлась организация работы в ближайшем окружении позиционных районов полков, дивизий, бригад и полигонов. Наделение особых отделов на местах функциями координаторов при взаимодействии с территориальными органами безопасности выглядело вполне логичным, но не учитывало одного — аппаратного веса различных управлений в системе КГБ.
Устинов отдавал отчет в том, что, отстаивая эту важную позицию в будущем приказе КГБ перед могущественным 2-м Главным управлением, ему предстояло немало потрепать себе нервы. Но это его не останавливало. На всех участках своей деятельности он прежде всего руководствовался интересами дела и потому не собирался отступать. Внимательно изучив все, в том числе и справочные материалы, подготовленные группой Николаева, Устинов убедился в обоснованности ведущей роли особых отделов на местах в организации контрразведывательной работы в окружении объектов РВСН. Он окончательно утвердился в решении добиваться того, чтобы это важное положение будущего приказа Председателя нашло поддержку у Юрия Андропова на предстоящей Коллегии КГБ.
За три года руководства военной контрразведкой Устинов, отставая ее позицию и защищая кропотливый труд своих подчиненных, немало поломал аппаратных копий. Профессионал с более чем тридцатилетним стажем он, как никто другой, знал истинную цену результатов контрразведывательной деятельности. За его плечами была суровая школа Смерша. Он проходил ее не в тиши кабинета и не за студенческой скамьей, а на фронтах Великой Отечественной войны. Позже, в ГДР, Устинов и его товарищи по управлению особых отделов КГБ по ГСВГ сошлись в непримиримой тайной борьбе с многоопытными спецслужбами США, Великобритании, ФРГ, других стран НАТО и одержали не одну важную победу. Блестяще проведенная ими и коллегами из МГБ операция «Весна» на несколько лет парализовала деятельность ЦРУ, МИ-6 и БНД.
Важную роль в том успехе сыграл 3-й — разведывательный отдел, которым руководил Устинов. Это оценили в Москве, и новое назначение не заставило себя ждать. Он возвратился в Советский Союз и приступил к исполнению обязанностей заместителя начальника особого отдела по 69-й воздушной армии Краснознаменного Киевского военного округа. На новом месте ему вместе с подчиненными наряду с решением традиционных задач, связанных с защитой секретов, борьбой со шпионажем, пришлось заниматься оказанием помощи командованию в модернизации военной техники. С этими задачами Устинов также успешно справился. В руководстве военной контрразведки не остались незамеченными результаты труда, и его направили на более ответственный участок работы.
С 1957 и по 1968 год Устинову вместе с семьей пришлось сменить четыре места службы. Их география была самой обширной, от благословенной Украины и до сурового Дальнего Востока. Он не искал теплых мест и не скользил по придворному паркету, а отдавался всей душой любимому делу и того же требовал от подчиненных. Высочайшая самоотдача, творческий подход к организации работы, без чего невозможна контрразведка, позволяли руководимым им коллективам добиваться весомых результатов. Вскоре то, о чем мечтает каждый оперативный сотрудник и руководитель, а именно получить назначение в Центр, где сходятся нити большинства операций, где служат лучшие из лучших, для Устинова стало реальностью.
Студеным февральским утром 1968 года он прибыл в Москву, но не в качестве командировочного, а заместителя начальника военной контрразведки страны — 3-го управления КГБ. На новом месте Устинову не пришлось долго осваиваться. Неоценимую помощь в его становлении оказал испытанный соратник и непосредственный начальник — Виталий Федорчук. Тот самый, с которым в далеком 1955 году в Вене они привлекли к сотрудничеству кадрового британского разведчика Робертсона и обеспечили получение от него ценнейшей информации. Профессионалы Федорчук и Устинов быстро нашли общий язык, и потому когда Виталий Васильевич был выдвинут на должность Председателя КГБ Украины, вопрос о преемнике не стоял. Он сдал свой пост начальника 3-го управления Ивану Лаврентьевичу.
Под руководством Устинова военная контрразведка не только сохранила высокую результативность в оперативно-боевой деятельности, но и существенно повысила. На ежегодных итоговых совещаниях Председатель КГБ Юрий Андропов, скупой на похвалу, в числе лучших отмечал 3-е управление.