Несмотря на мощное сопротивление реализации этой идеи со стороны ЦРУ и лично его руководителя А. Даллеса, в президентской администрации начали склоняться в пользу точки зрения Пентагона. Поводом для окончательного решения на этот счет стали горячие дебаты в начале 1960 года в законодательных органах власти США, где представители разведки видов ВС выразили свое полное несогласие с разведоценкой ЦРУ относительно темпов роста военного потенциала СССР и особенно его ракетно-ядерного оружия. Для урегулирования конфликта вопрос был передан в специальную объединенную группу представителей разведслужб во главе с генеральным инспектором ЦРУ Л. Кирпатриком. В конце 1960 года группа разработала свои рекомендации и была вынуждена признать необходимость учреждения центрального органа военной разведки и ввести его руководителя в состав Совета по разведке вместо руководителей трех самостоятельных разведслужб видов ВС. Примечательно, что это предложение поддержал Том Гейтс, министр обороны уходящей с политической сцены администрации Эйзенхауэра, и воспринял как руководство к действию новый глава военного ведомства уже демократической администрации Роберт Макнамара. Последний, являясь кандидатом демократов на пост министра еще в период выборной кампании, по его собственному признанию, был поражен расточительностью, вызванной дублированием работы разведорганов не только в Разведсообществе страны в целом, но и в рамках вооруженных сил страны в частности [6, с. 75]. Таким образом, идея о создании централизованного органа управления военной разведкой в принципиальном плане не вызывала особых возражений в среде победивших на президентских выборах демократов, но решение на этот счет было отложено на некоторое время по объективным и субъективным причинам. В том же 1960 году в рамках министерства обороны была создана новая самостоятельная разведывательная структура — Национальное управление воздушно-космической разведки (НУВКС), что официально обусловливалось срочными потребностями в охвате территории потенциального противника в лице СССР, успехи которого в создании ракетно-ядерного потенциала вызывали все большую обеспокоенность в Вашингтоне, против чего не могло возражать ЦРУ, руководство которого осознавало объективную необходимость по крайней мере в централизации управления космической, а вместе с ней и воздушной разведкой.
Смена президентской власти в январе 1961 года, переход Белого дома от республиканцев к демократам почти автоматически предполагали и смену руководства в ЦРУ, что с большой вероятностью было чревато и существенными организационными изменениями в рамках Разведывательного сообщества США в целом.
Однако директор ЦРУ А. Даллес и его окружение тем не менее в предвидении возможных перемен продолжали играть в свою игру. Стараясь угодить кандидатам от обеих конкурирующих политических партий, ЦРУ вместе с тем было озадачено намерением выдвиженца республиканцев на высший пост в стране вице-президента Р. Никсона уменьшить влияние разведчиков на процесс выработки решений в Белом доме. В этих условиях Даллес при поддержке определенных кругов в спецслужбах страны весьма благосклонно воспринимал нарастающую популярность среди избирателей «сравнительно неопытного сенатора-демократа» Джона Кеннеди, который в конце концов и одержал победу на выборах [5, с. 103].
По мнению многих американских исследователей, самоуверенность Даллеса явилась причиной того, что он неправильно просчитал возможную реакцию нового президента на спланированную еще при его предшественнике операцию по вторжению в апреле 1961 года на территорию революционной Кубы (высадка десанта в заливе Кочинос) поддерживаемых ЦРУ кубинских наемников-контрреволюционеров [19, р. 226]. Это якобы и явилось непосредственным поводом к последующей опале всемогущего Даллеса. Несмотря на то, что впоследствии Дж. Кеннеди, как руководитель страны, всю ответственность за провал операции взял на себя, ему пришлось приложить немало усилий с тем, чтобы попытаться исключить подобное впредь. Для этого Кеннеди первоначально решил подвергнуть анализу деятельность спецслужб накануне и в ходе провалившейся операции, для чего он создал специальную комиссию.