Постепенно, как свидетельствуют американские военные специалисты в области истории разведслужб, отношения в формате ЦРУ — военная разведка начали меняться в неблагоприятном для последней направлении. Дело обстояло таким образом, что глава Центральной разведки не без успеха добился от президентской администрации привилегий в том плане, что отныне внешнеполитический курс страны и связанные с этим обеспечивающие мероприятия оказались в руках братьев Даллесов, которые завоевали беспрецедентный авторитет у президента Эйзенхауэра. Практически все остальные спецслужбы, их руководители и консультанты превратились в статистов, мнение которых по тем или иным вопросам учитывалось лишь при необходимости, хотя вопрос о передаче технических средств разведки в ведение ЦРУ не поднимался. При Трумэне директор ЦРУ лично докладывал «конденсированную разведывательную оценку, но на основе обсуждения с главами всех разведывательных служб» [13, р. 157]. Даллес же избрал иной путь доведения информации до руководства страны, основываясь не на «коллективной мудрости» глав разведывательных ведомств, а на собственной интуиции. Более того, руководство ЦРУ, осознавая факт неизбежности получения руководством страны информации и от других спецслужб, выработало тактику «приглушения и замалчивания информации с мест и выпячивания выгодных ему разведданных» [5, с. 77]. Все это со временем не могло не вызвать недовольства других спецслужб страны, включая в первую очередь военную разведку.
Между тем, вопреки первоначально сформулированным главным задачам ЦРУ, а именно «добыванию конфиденциальной информации в помощь высшим инстанциям, принимающим политические решения», руководство Центральной разведки все в большей степени стало делать акценты на осуществление специальных, по сути, подрывных акций в государствах, внутри- и внешнеполитический курс которых не вписывался в общую политику Вашингтона на международной арене. Импульсом для такого рода деятельности явилась директива Совета национальной безопасности № 10/2 от 18 июня 1948 года, в соответствии с которой предписывалось создание специальной структуры для осуществления такого рода акций. Несмотря на то, что первоначально руководитель данной структуры, получившей название Управление по координации политики (УКП), формально назначался по представлению государственного секретаря, подчинялся ему и министру обороны, финансирование и кадры выделялись от ЦРУ. Естественным образом постепенно данная структура полностью влилась в ЦРУ и стала зависеть от воли и планов директора Центральной разведки. В начале 50-х годов было принято решение объединить УКП и Директорат специальных операций (ДСО) в рамках ЦРУ, в результате чего в значительной степени повысилась эффективность проводимых управлением диверсионных операций. Специфика полувоенной работы этой структуры и высокие должностные оклады явились причиной перетекания в него многих бывших военнослужащих, в том числе и из органов военной разведки, что также явилось причиной неоднократных трений в отношениях руководства ЦРУ и военных. Однако целый ряд удачных операций ЦРУ, в том числе государственные перевороты в Сирии в 1948 году, в Иране в 1953 и в Гватемале в 1954 годах, сделали авторитет А. Даллеса в глазах политического истеблишмента Вашингтона незыблемым. Примечательно, что во всех трех случаях резидентуры ЦРУ тесно работали с резидентурами военной разведки, которая, однако, осталась в тени. Особо следует выделить операцию, руководимую резидентом ЦРУ Кимом Рузвельтом (близким родственником бывших президентов США — Т. Рузвельта и Ф. Рузвельта), по устранению от власти в Иране вышедшего из-под контроля премьера Моссадыка. Эта операция, подчеркивают аналитики истории разведки, не была бы успешной без привлечения сотрудника американских военных спецслужб бригадного генерала Роберта А. Макклура, руководителя американской консультативной группы в Тегеране, якобы сумевшего правильно оценить внутриполитическую обстановку и лично завербовать руководство иранских вооруженных сил, сыгравших ключевую роль в успехе государственного переворота в этой стране [3, с. 100]. Аналогичным образом ЦРУ работало и в Индонезии в 1957 году, когда для организации антиправительственного мятежа среди местных военных были привлечены американские военнослужащие из соответствующих служб, причем не только в самой Индонезии, но и в сопредельных странах, где ими были организованы базы сепаратистов с задачей вторжения в эту страну для свержения власти диктатора Сукарно, якобы склонявшегося к сотрудничеству с коммунистическим блоком [3, с. 160–162].