В конце 40-х и в первой половине 50-х годов прошлого века получила развитие еще одна тенденция, выразившаяся в усилении связей между ЦРУ и военными спецслужбами. Речь идет о прецеденте создания так называемых специализированных частных компаний (СЧК) — в действительности же структур, находившихся на содержании целого ряда органов системы государственного управления, в том числе ЦРУ. Управление буквально с первых дней своего существования проявило исключительный интерес к различного рода коммерческим, большей частью транспортным компаниям. Заинтересованность в них объяснялась прежде всего постоянно возникавшей острой необходимостью срочной переброски грузов и личного состава (диверсантов, инструкторов, специалистов и др.) в те регионы, где планировались и осуществлялись инспирированные ЦРУ акции. С течением непродолжительного времени руководство управления осознало, что для скрытности организации спецакций и оперативности выполнения задуманного рационально не только нанимать частные компании, но и обзавестись собственными. Так, уже к началу 60-х годов прошлого века ЦРУ владело крупным коммерческим воздушным флотом, включавшим такие авиакомпании, как «Эйр Америка», «Эйр Эйша», «Сивил эйр транспорт», «Сазерн эйр транспорт» и целый ряд других, в том числе и занятых морскими перевозками [10, с. 71]. С комплектованием этих структур в принципе не было проблем в связи с тем, что, например, после окончания войны в Корее (1950–1953) на рынок труда в США и союзных им странах было выброшено беспрецедентно большое количество уволенных из рядов вооруженных сил специалистов всех профилей. Военная разведка США, также вынужденно избавлявшаяся от избытка специалистов, всячески способствовала трудоустройству своих бывших сотрудников не только в частные компании, но и в легальные организации гражданских спецслужб.
Время от времени возникавшие трения в рамках сообщества спецслужб относительно полномочий нового централизованного органа разведки вызвали необходимость конкретизации задач ЦРУ. Поэтому весной 1949 года после недолгих прений в обеих палатах Конгресса был принят специальный закон о ЦРУ, которым данному органу предоставлялись самые широкие полномочия, на реализацию которых выделялись весьма значительные средства. При этом секретный бюджет ведомства проходил обсуждение и, соответственно, одобрение на заседании небольшой по количественному составу подкомиссии Сената по делам вооруженных сил [3, с. 55].
Трумэн не стремился монополизировать руководство разведкой. Его вполне удовлетворял факт работы подконтрольного ему аппарата Совета национальной безопасности в тесном контакте с ЦРУ. Более того, в соответствии с принятой в тот период практикой директор ЦРУ докладывал тот или иной документ, в котором «учитывались суждения всех консультативных советов разведки», под которыми имелись в виду разведслужбы СВ, ВМС и ВВС, а также Государственного департамента и Комиссии по атомной энергии [20, р. 60].
Между тем, несмотря на то, что формально Белый дом, Государственный департамент и министерство обороны устанавливали информационные приоритеты, то есть главные и первоочередные задачи для ЦРУ, последнее быстро начало овладевать инициативой в наполнении информационного потока, идущего в Белый дом и Конгресс. Этот факт в конце концов вызвал открытое недовольство конкурирующих ведомств, что вынудило Трумэна пойти на создание механизма, который мог бы уравновесить поток информации разведки. Для начала он поручил А. Даллесу возглавить небольшую группу, созданную для обследования деятельности ЦРУ и выработки рекомендаций по ее улучшению. Однако группа в составе бывшего сотрудника УСС У. Джексона и близкого к Даллесу помощника министра обороны М. Корреа подготовила доклад, в котором отстаивалась идея о том, что именно ЦРУ должен принадлежать приоритет в сборе и докладе руководству страны развединформации, а также, к удивлению многих специалистов, выражалось недовольство тем, что среди руководящих сотрудников управления «слишком много военных» [5, с. 59]. Несмотря на это, вместо ушедшего в отставку в 1950 году прежнего директора ЦРУ адмирала Р. Хилленкоттера во главе Центральной разведки вновь был поставлен военный — генерал Уолтер Беделл Смит, который с нескрываемым недоверием относился к старшему брату Аллена Даллеса — Джону Фостеру, назначенному на должность государственного секретаря [3, с. 581]. Но Трумэн не остался полностью безучастным к критике и назначил одного из авторов доклада У. Джексона заместителем директора. А в январе 1951 года в ЦРУ пришел Аллен Даллес, под которого была создана ключевая в управлении должность — заместитель директора по планированию. В августе того же года А. Даллес сменил Джексона на посту первого заместителя, а с победой республиканцев на президентских выборах 1952 года с февраля следующего года возглавил ЦРУ. Таким образом, Аллен Даллес стал первым гражданским лицом, ставшим во главе ЦРУ.