Другой вопрос, который также потребовал интенсивного обсуждения, состоял в том, должен ли директор Центральной разведки быть членом Совета национальной безопасности. СНБ, в соответствии с законопроектом, являлся органом, находящимся под юрисдикцией Белого дома. После долгих дебатов было принято предложение министра ВМС Джеймса Форрестола об обязательном участии ДЦР в заседаниях совета, но без формального членства в нем.
Третий вопрос, вызвавший длительные дебаты, напрямую касался взаимодействия и координации действий национальных спецслужб. Проект инициативы предполагал, что вновь создаваемое Центральное разведывательное управление (ЦРУ) будет выполнять роль своеобразного связующего органа администрации, где сосредоточивается массив разведсведений для последующей аналитической обработки. В связи с этим ЦРУ должно автоматически обеспечиваться доступом к данным, добытым другими спецслужбами. Представители военной разведки в конце концов дали свое согласие на это, но при условии сохранения собственных органов сбора и обработки разведывательных сведений, необходимых для обеспечения военных действий. Представитель ФБР в категорической форме настоял на ограничении доступа ЦРУ к своей базе данных, но подчеркнул, что «в исключительных случаях в интересах национальной безопасности такое право может быть предоставлено с письменного указания руководства» [59, А-9].
В соответствии с подписанным 27 июля 1947 года президентом Трумэном Законом о национальной безопасности среди прочих важных мероприятий учреждалось и Центральное разведывательное управление во главе с директором Центральной разведки, которое на тот момент являлось единственной в стране организацией, имевшей «общенациональную (общегосударственную) разведывательную функцию».
На должность первого директора Центральной разведки (он же директор ЦРУ) был назначен контр-адмирал Роскоу Хилленкотер. В соответствии с первоначальной концепцией организации и функционирования централизованного органа разведки страны, ЦРУ имело два основных подразделения — управления разведывательными операциями и анализа.
Однако в связи с неполной проработкой целого ряда вопросов, отраженных в принятом законе, почти сразу начали возникать проблемы во взаимоотношениях спецслужб. Так, например, на аналитическое управление ЦРУ формально были возложены задачи в том числе подготовки краткосрочных, то есть оперативных, прогнозов. Государственный департамент, военная разведка и ФБР считали такой анализ своей прерогативой. В этой связи понадобились долгие обсуждения и согласования между представителями спецслужб, чтобы достичь взаимопонимания и разделения функций анализа. Кроме того, администрация президента выразила свою заинтересованность в организации крупномасштабной кампании психологической борьбы, направленной против СССР и стран коммунистического блока. После долгих препирательств между Госдепом и ЦРУ и откровенного нежелания обоих ведомств взваливать на себя дополнительную обузу данные функции все же по решению СНБ были переданы Центральному разведывательному управлению.
Менее чем через год после создания ЦРУ Советом национальной безопасности по инициативе вновь назначенного исполнительного секретаря этого органа С. У. Сауэрса (в недавнем прошлом занимавшего пост ДЦР) было принято решение о проверке работы управления, для чего создали комиссию в составе трех авторитетных нью-йоркских адвокатов Аллена Даллеса, Уильяма Джексона и Матьяса Корреа. Проверка проводилась по следующим аспектам: соответствие структуры организации поставленным задачам; результаты оперативной деятельности; проблемы межведомственного взаимодействия. В январе 1949 года отчет о проверке был готов и представлен на суд членов СНБ.
После обсуждения выводов комиссии СНБ наложил резолюцию, которая в целом весьма критически оценивала деятельность ЦРУ. В частности, был отмечен факт своеволия руководства управления, не всегда выполнявшего прямые указания руководства страны; зачастую самоустранение директора от непосредственного управления разведывательными операциями и, наконец, фактическое отсутствие отлаженных механизмов взаимодействия с другими спецслужбами. Там же еще раз подчеркивалось, что оптимальная координация работы национальных спецслужб может быть обеспечена только при гражданском директоре Центральной разведки [59, А-10].