Безусловно, смена руководства ЦРУ явилась серьезным ударом для тех кругов военно-промышленного комплекса США, которые ратовали за прямое вовлечение страны в противоборство с СССР и опекаемыми им коммунистическими режимами во всех частях света. Однако прагматичное руководство президентской администрации Джона Кеннеди посчитало такой «примитивный» метод борьбы слишком обременительным для страны как в финансовом, так и в морально-этическом планах. В этой связи президентской администрацией были разработаны гибкие способы «нейтрализации коммунистической угрозы» и осуществлены серьезные мероприятия во всех областях развития национального военного потенциала, включая и военную разведку.
Весьма существенным, имеющим долгосрочные последствия явился целый ряд практических мер, предпринятых руководством США в начале 60-х годов прошлого века: с одной стороны, по более четкому разделению сфер ответственности между спецслужбами страны, а с другой — в направлении реализации курса на дальнейшую централизацию управления разведкой, но на этот раз не в рамках всего Разведсообщества страны, а отдельно — в так называемом сообществе военной разведки.
В августе 1961 года было принято решение о создании Разведывательного управления Министерства обороны (РУМО), которое фактически объединило все ранее формально самостоятельно существовавшие военные компоненты военной разведки, замыкавшиеся на свои виды вооруженных сил (за исключением УНБ, являвшегося на тот период единственным общефедеральным военным органом военной разведки). Первым начальником управления был назначен генерал-лейтенант Джозеф Кэррол. В 1963 году в РУМО был создан единый аналитический центр военной разведки, на который замыкались аналитические службы разведки видов ВС и объединенных командований. В 1965 году руководству РУМО был вверен административный контроль над вновь созданной системой военных представителей США за рубежом — военных атташатов.
Рубеж 50-х — 60-х годов ознаменовался резким рывком в области развития технических средств разведки. Вашингтон, обеспокоенный успехами СССР в области создания стратегического ракетно-ядерного потенциала, инициировал проект формирования национальной разведывательной структуры, в задачи которой входило бы отслеживание наращивания противником «ракетной угрозы США». При тесном сотрудничестве ЦРУ и разведки ВВС была сформирована и с 1961 года начала официально функционировать новая разведывательная структура США — Национальное управление воздушно-космической разведки (НУВКР). Формально в первый период своего существования НУВКР подчинялось министру обороны в качестве самостоятельного управления. Однако директор Центральной разведки выторговал себе право осуществлять подбор личного состава на руководящие должности, контролировать бюджет и определять приоритетные задачи управления. Кроме того, НУВКР имело особую привилегию в осуществлении закупок, разработке и приобретении космических аппаратов «в интересах всего Разведывательного сообщества» [59, А-13].
Возрастание возможностей по ведению разведывательной деятельности в рамках министерства обороны объективно привело к ослаблению роли директора Центральной разведки в рамках Разведсообщества страны. В июле 1961 года Совет при президенте по вопросам внешней разведки предложил главе государства вывести ЦРУ из непосредственного подчинения ДЦР, а последнего сделать нейтральной фигурой с размещением в одном из кабинетов Белого дома. Однако Джон Кеннеди не поддержал данную инициативу руководителей спецслужб.
Пытаясь сохранить баланс сил в Разведсообществе, президент Джон Кеннеди публично выступил за усиление роли ДЦР не только как координатора деятельности спецслужб, но и как руководителя главного разведывательного органа страны — ЦРУ. Однако при этом он напутствовал нового ДЦР Джона Маккоуна указанием о том, что последнему следует сосредоточиться на координации действий спецслужб страны, а перед первым заместителем директора ЦРУ поставил задачу непосредственного руководства спецоперациями. Джон Маккоун уже в начале 1963 года учредил группу оценки национальной программы в области разведки, охватывающей все Разведсообщество, и принял самое активное личное участие в ее разработке.
Втягивание США в середине 60-х годов в конфликт в Юго-Восточной Азии и полномасштабное включение в войну во Вьетнаме вновь сместило акценты в разведдеятельности на военные аспекты, и в очередной раз РУМО оказалось на первых ролях в Разведсообществе, хотя и при активной помощи со стороны ЦРУ.