В свою очередь и законодательная власть вознамерилась подвергнуть ЦРУ проверке, для чего в 1948 году Конгресс образовал свою комиссию во главе с бывшим президентом Гербертом Гувером, который под выполнение конкретной задачи образовал специальную группу проверки во главе с крупным бизнесменом Фердинандом Эберштадтом. Комиссия вскрыла целый ряд недостатков, которые якобы негативным образом продолжали сказываться на позитивной в целом работе управления. Так, например, в обнародованном в ноябре того же года докладе комиссии отмечались явные упущения по анализу научных достижений в иностранных государствах и, соответственно, отсутствие должным образом поставленной работы с постановкой задач в области научно-технической разведки. Данные акценты комиссии были вызваны главным образом опасением американских властей относительно возможных научных достижений у противника (СССР) в области создания ядерного оружия. В качестве предложения по устранению этих недостатков рекомендовалось значительно усилить координацию в работе спецслужб и активизировать проведение совместных разведывательных операций [59, А-11].
Параллельно законодательная власть страны продолжала работу по расширению функций ЦРУ. Так, в 1949 году Конгресс утвердил дополнительную нормативно-правовую базу, наделявшую директора Центральной разведки определенными полномочиями, необходимыми для проведения специальных операций, которых были лишены руководители других спецслужб. Более того, новыми законами ДРЦ позволялось личным решением использовать дополнительные денежные средства в целях оптимизации работы ЦРУ, не руководствуясь бюрократическими нормами и правилами, которые обычно тормозили выполнение тех или иных задач другими спецслужбами. Одним из новых законов ЦРУ разрешалось использовать дополнительные финансы из государственных фондов лишь на основе письменного решения ДРЦ.
Вскоре после начала Корейской войны (1950–1953) главой ЦРУ и, соответственно, директором Центральной разведки был назначен генерал-лейтенант Уолтер Бедел Смит, который вплотную занялся претворением в жизнь рекомендаций обеих комиссий, уделив особое внимание координации усилий спецслужб страны. С этой целью на должность заместителя директора-начальника управления планирования ЦРУ был назначен Аллен Даллес, ветеран Управления стратегических служб, зарекомендовавший себя как опытный организатор и аналитик. Для более качественного анализа поступавших из разных источников и от спецслужб разведывательных сведений был образован Совет оценки информации государственной важности (СОИГВ), который возглавил известный ученый из Гарвардского университета профессор Уильям Лэнгер, внесший личный существенный вклад в расширение сотрудничества спецслужб США в сфере аналитической деятельности.
В октябре 1952 года президент Г. Трумэн, руководствуясь рекомендациями комиссий, издает секретный меморандум о создании Управления национальной безопасности (УНБ), на которое возлагались практически все задачи по ведению радио- и радиотехнической разведки, как в интересах военно-политического руководства страны в целом, так и вооруженных сил в частности. Было решено подчинить новую структуру министерству обороны, в связи с чем соответствующие технические подразделения военной разведки, но также и разведки политической (ЦРУ) были упразднены, а их функции полностью переданы УНБ. Возникшее вслед за этим недопонимание между МО и ЦРУ было урегулировано специальной директивой СНБ, но лишь в 1958 году.
Между тем Корейская война в очередной раз продемонстрировала дублирование функций спецслужб и перерасход средств на разведку. Так, например, по результатам работы очередной комиссии СНБ в 1955 году был вынужден переиздать директиву от 1948 года, в которой конкретизировалось положение о том, что ответственность за организацию и проведение всех специальных операций возлагается на ЦРУ [59, А-12].
В 1954 году новый президент США республиканец Дуайт Эйзенхауэр утвердил концепцию ведения стратегической воздушной разведки в отношении СССР и стран коммунистического блока с применением специального разведывательного самолета У-2. В этой связи с неизбежностью встал вопрос о более тесном сотрудничестве ЦРУ, как ведущего разведывательного органа страны, с представителями военной разведки, в первую очередь с разведкой ВВС. Налаженное тесное сотрудничество обоих ведомств и координация их усилий, как считают американские исследователи, позволили весьма существенно сэкономить бюджетные средства, выделенные на разведку в целом.