Последними по времени «путешественниками» стали генерал-майор Акияма Ёсифуру и майор Оба Дзиро, приглашенные осенью 1903 г. командующим Приамурским военным округом Д.И. Субботичем на маневры 1-го Сибирского армейского корпуса в качестве ответного жеста царского правительства на визит военного министра А.Н. Куропаткина в Японию летом того же года, в ходе которого он ознакомился с постановкой военного дела в японской армии. Акияма и Оба с 11 по 17 сентября наблюдали за учениями 1-го корпуса в районе Никольск-Уссурийского, затем посетили Хабаровск и Порт-Артур, где встретились с его командиром генерал-майором Н.П. Линевичем и адмиралом Е.И. Алексеевым. По прибытии в Токио 3 октября Акияма и Оба составили подробный отчет о ходе маневров и тактике русских войск149.
Большой объем информации о России Генштаб получал от резидентуры в Петербурге, которой с августа 1902 г. руководил военный атташе подполковник Акаси Мотодзиро. На связь к нему от предшественника генерал-майора Мурата Ацуси перешел ценный агент, штаб-офицер по особым поручениям при Главном интенданте русской армии ротмистр Н.П. Ивков. За вознаграждение Ивков передавал информацию о сроках отправки на Дальний Восток 300-тысячной армии с конским составом и провиантом, пропускной способности Транссиба, расчетном количестве требуемого войскам продовольствия на 8—12 месяцев, другие секретные сведения. Согласно отчетам Акаси, в декабре 1903 – январе 1904 г. он выплатил Ивкову за полученную информацию свыше 2000 руб. и рассчитывал пользоваться его услугами дальше150.
Владивостокская резидентура во главе с майором Исидзака Дзэндзиро в 1903–1904 гг. вела планомерную разведку русских войск в Приамурском крае, вскрывала военные переброски в Маньчжурию, Корею, Приморье и Забайкалье, изучала транспортную сеть региона как через агентуру, так и в ходе личных поездок резидента. В этой работе Исидзака опирался на харбинскую резидентуру и помощь коммерческого агентства во Владивостоке151.
За резидентом, в частности, был закреплен секретарь агентства Судзуки Ёносукэ, ранее сотрудничавший с военной разведкой в период несения службы в японском вице-консульстве в Корсакове. Под руководством Судзуки действовала группа японских агентов, которые собирали информацию о фортификационных сооружениях владивостокской крепости и дислокации крепостной артиллерии. Так же как и резидент в Чифу капитан Ота Ясома, Судзуки поспешил с подбором агентов, что привело к задержанию 18 мая 1903 г. владивостокской крепостной жандармерией японцев Окано Сёдзиро, Танака Синсаку и Усиронэ Мацутаро во время составления ими чертежа Токаревской батареи. Однако задержанные не признали факта ведения разведки, а обнаруженный чертеж выдали за рисунок владельца их столярной мастерской Хара-гути Кинтаро, который, в свою очередь, заявил, что «таковой […] был сделан им и представляет чертеж полок, которые ему хотели заказать в типографии Уссурийской железной дороги, и случайно остался в кармане его шубы, данной им Усиронэ в день его задержания». Более чем исчерпывающие объяснения Харагути были приняты во внимание Иркутской судебной палатой, и 30 августа арестованные японцы вышли на свободу152.
Составной частью владивостокской резидентуры являлась разведывательная сеть Исимицу Макиё, который, успешно используя свое коммерческое прикрытие, за полтора года провел фотосъемку всех важнейших объектов КВЖД Для пересылки полученной информации харбинская резидентура регулярно использовала методику микрофотографирования: снимки уменьшались до минимальных размеров, заделывались во внутреннюю часть ручной клади и под видом почты фотоателье отправлялись во Владивосток. Подобный способ отправки корреспонденции не вызывал подозрений у русских властей, так как им было известно, что все расходные материалы – фотобумагу, проявители, закрепители и прочее – фирма «Кикути» могла закупить через Владивосток только в Японии. К тому же, несмотря на провал плана Исимицу по развертыванию в Маньчжурии сети резидентур под крышей торговых организаций, он регулярно получал информацию от агентуры в Маньчжоули, Благовещенске, Ляояне, Чанчуне, Дальнем, Порт-Артуре и Мукдене153.
Не полагаясь только на собственные возможности, японская военная разведка накануне войны заключила первый в своей истории разведывательный альянс с Великобританией, который заложил фундамент в почти полувековую практику сотрудничества специальных органов Японии и союзных держав – Германии, Польши, Эстонии, Латвии, Финляндии, Венгрии в обмене разведывательными материалами о России. Основой альянса стал подписанный 30 января 1902 г. между Лондоном и Токио договор о взаимопомощи.