Действовавшая под крышей японского консульства легальная резидентура в Чифу продолжала целенаправленно изучать русскую группировку на Квантунском полуострове и ВМБ Порт-Артур. В мае 1902 г. ее возглавил помощник Аоки капитан Морита Тосито, опиравшийся на немногочисленную, но хорошо подготовленную агентуру. Так, в сентябре 1903 г. Морита и завербованный им слушатель коммерческих курсов шанхайского отделения общества «Тоадо бунсёин» Окано Масудзиро провели разведку баз Порт-Артур, Дальний и русских гарнизонов в Южной Маньчжурии, для чего Окано, в прошлом унтер-офицер крепостной артиллерии Токийского залива и Юрё, нелегально проник в Порт-Артур и составил описание крепости140.
Конспиративной квартирой ему служило жилище другого агента резидентуры главы японской колонии Порт-Артура Каваками Кэндзо, который после отъезда в 1898 г. из Владивостока утратил связь с военной разведкой и смог восстановить ее только в 1900 г. в ходе кратковременной поездки Морита в Маньчжурию. В мае 1902 г., с назначением Морита в Чифу, Каваками окончательно перешел в его подчинение и, используя обширные связи среди колонистов, передавал ценные сведения о положении дел в регионе.
Еще одним агентом резидентуры был японский предприниматель Хосоно Сёхэй, живший в Китае с 1900 г. В апреле 1903 г. он по заданию Морита выехал в Маньчжурию, где в качестве переводчика китайского языка присоединился к майору Хагино Суэкити для совместной разведки Порт-Артура и маньчжурской группировки русской армии. В течение месяца Хагино и Хосоно с разрешения русских властей посетили Порт-Артур, Дагушань, Фынхуанчэн, Ляоян, Цзиньчжо141, после чего в мае Хосоно выехал на доразведку бассейна реки Ялу. Кроме того, в ноябре 1903 г. Морита завербовал свободно владевшего английским языком секретаря японского консульства в Чифу Таё Рокуро-дзаэмон142.
Вторая резидентура Генштаба действовала в Инкоу. С января 1903 г. ей руководил капитан Кавасаки Рёдзабуро, который осел в порту под видом изучавшего русский язык отставного японского офицера. Резидентура собирала информацию о дислокации, нумерации, численности и вооружении русской армии в Южной Маньчжурии и на Квантунском полуострове143.
В этой работе Кавасаки опирался на четырех бывших унтер-офицеров японской армии, переселившихся в Китай. В апреле 1903 г. им был завербован свободно владевший китайским языком житель Ляояня Такабэ Осукэ, который с помощью девяти китайских агентов вел наблюдение за дислоцированными в Ляояне русскими войсками. Аналогичную работу по заданию Кавасаки проводили жители Мукдена Иримадзири Саносукэ и Накано Исиити. С декабря 1903 г. оба агента, свободно владевшие китайским и русским языками, собирали сведения о царской армии в районе Дунбянь. Поскольку четвертый агент – Накано Киндзо имел слабые познания в английском и русском языках, Кавасаки использовал его в совместных поездках по разведке района Дашицяо144. Отдельные задания резидента также выполнял врач из Харбина Кодзима Есиносукэ, ранее занимавшийся частной медицинской практикой в Имане (Дальнереченске)145.
В процессе разведывательной деятельности Кавасаки активно использовал легальные возможности своего официального прикрытия стажера русского языка. В августе 1903 г. он обратился к градоначальнику Инкоу с просьбой разрешить ему посещение Порт-Артура для осмотра казарм и двух полков. Не встретив возражений царского наместника на Дальнем Востоке Е.И. Алексеева, Кавасаки в сентябре побывал в крепости и осмотрел казармы и лагеря 3-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады146.
На помощь инкоуской резидентуре за несколько недель до начала войны Генштаб направил на материк еще двух офицеров военной разведки – майора Эги Акио и капитана Дои Итиносин, которые, выдавая себя за странствующих буддийских монахов или китайских торговцев, должны были собирать информацию о русских войсках и фортификационных сооружениях в Ляояне. На этапе легализации разведчиков прикрывала японская торговая сеть в Маньчжурии «Тохиёко» во главе с ее директором Мацукура Ёсииэ147.
Кроме них доразведку русских гарнизонов в Маньчжурии с весны 1903 г. проводили выезжавшие в краткосрочные командировки на материк под легендами путешественников офицеры Генерального штаба Японии, которых, как правило, сопровождали переводчик и китайская вооруженная охрана. Так, вместе с уже упомянутым майором Хагино Суэкити в мае в Инкоу, Мукдене, Ляояне, Фынхуанчэне, Хайчэне и Цзилине побывал капитан Хамаомотэ Матасукэ, занимавшийся визуальной разведкой русских военных объектов и военно-топографическим описанием будущего ТВД, а в августе – сентябре Вонсан, Владивосток, Харбин, Мукден, Инкоу, Дашицяо, Ляоян и Порт-Артур осмотрел майор Уэмура Ютаро148.