Так мятежники обеспечили себе безопасное морское сообщение с Марокко. Республиканский флот после возвращения из Бискайского залива уже не предпринимал попыток вернуть свое былое господство в этой акватории. Да это было и невозможно, так как из-за постоянных воздушных налетов он оставил Малагу и перебрался в Картахену. Теперь переведенные в Сеуту крейсеры мятежников могли начать операции на средиземноморских коммуникациях республиканцев.
Командование испанского флота до июля 1936 года не удосужилось разработать концепцию использования своих подводных лодок. К тому же качество проектов и техническое состояние имевшихся субмарин оставляло желать много лучшего.
Особенно это касалось лодок типа «В». Достаточно сказать, что четыре из шести лодок данного типа вскоре встали на ремонт, из которого они до конца войны так и не вышли. Качество торпед тоже было ниже всякой критики. Боевая подготовка экипажей находилась на очень низком уровне. Особую трудность для них представляло погружение и всплытие. То есть то, без чего подводная лодка просто теряет свое главное назначение. По этим причинам лодки большей частью стояли в портах и лишь одна―две из них выходили в море для обучения команд.
В июле большинство офицеров перешло на сторону мятежников, что еще больше снизило уровень боеготовности обеих флотилий. Главной их задачей стало препятствование переброске войск из Марокко через пролив. Оставшись почти без офицеров, экипажи лодок выполняли поставленные им задачи достаточно небрежно, практически без каких-либо успехов, зато несли потери (повреждение «С-3» 7 августа).
После падения Ируна и Сантандера, когда единственной дорогой для снабжения Басконии осталось море, командование решило перевести подводные лодки на север. В сентябре туда пришли «В-6», «С-5» и «С-2». Базируясь в Хихоне, они пытались бороться с кораблями мятежников, которые обстреливали побережье.
31 августа «С-5» (командир Р. Вердиа, один из немногих офицеров-подводников, оставшихся верными республике; вскоре его назначили командиром флотилии «C»), произвела неудачную атаку линкора «Espana». Торпеда в цель попала, но из-за своего скверного качества не взорвалась. А после торпедного залпа, плохо сбалансированную лодку выбросило на поверхность, где она подверглась обстрелу, получила повреждения и была отправлена в ремонт.
19 сентября в районе мыса Кабо Пеньас (на северо-восток от Хихона) затонула «В-6». В надводном положении она атаковала буксир националистов «Galicia» и повредила его артиллерийским огнем. Но тут подоспели корабли мятежников — эсминец «Velasco» и вооруженный траулер «Cariza-4». «Velasco» несколько раз поразил «В-6» своими 102-мм снарядами, от чего она затонула. Экипаж попал в плен и вскоре был расстрелян.
12 октября между Эстепоной и Малагой затонула при невыясненных обстоятельствах подводная лодка «В-5». Скорее всего ее потопил бомбами немецкий гидросамолет «Не-59».
Таким образом, в течение первых трех месяцев войны из строя были выведены 4 подводные лодки (2 потоплены, 2 повреждены). а еще 4 находились в долгосрочном ремонте. На практике это означало конец обеих флотилий как тактических соединений, способных результативно действовать на коммуникациях противника. Оставшиеся в строю 4 лодки могли сделать немногое. Такое положение вашей начало исправляться лишь в 1937 году, благодаря помощи советских инструкторов.
Впрочем, подобное неверие в возможность успешного применения подводных лодок царило и в стане мятежников. Они, довольствуясь помощью итальянских субмарин, до 1938 года вообще не имели собственных подводных сил.
Сотрудничество португальских фашистов с франкистскими мятежниками не пользовалось популярностью у народа Португалии. Антивоенные настроения захватили также армию и флот. Моряки открыто высказывали свои симпатии к испанской республике.
Когда распространились слухи о том, что правительство диктатора А. Салазара намеревается послать свои корабли на помощь франкистам, 8 августа (по другим данным 11 сентября) 1936 года на кораблях, стоявших на рейде Лиссабона, вспыхнул бунт.
Экипажи эсминцев «Lima» и «Dao», канонерок «Bartolomeu Dias» и «Afonso dе Albuquerque» с оружием в руках выступили против своих офицеров. «Dao» и «Albuquerque» были захвачены своими экипажами и попытались выйти в море, намереваясь добраться до какого-нибудь из республиканских портов.
Но эту попытку сорвал огонь береговых батарей и кораблей, верных правительству. Во время артиллерийской дуэли канонерка «Afonso de Albuquerque» выбросилась на берег, а «Dao», получив пробоину в носовой части, сдался. Хотя экипажи этих кораблей предстали перед военным судом и были сурово наказаны, Салазару пришлось отказаться от планов использования португальского флота на стороне франкистов.