Главной проблемой для обеих армий стало снабжение оружием, боеприпасами, военной техникой и снаряжением. Ввиду слабости собственной промышленности, ее можно было решить лишь путем закупок за границей. Но если мятежники без помех производили такие закупки в Италии и Германии, то республиканцы сразу же столкнулись с рядом трудностей, когда начали делать закупки в странах Западной Европы. Испанское правительство, вследствие слишком сильной своей «левизны», не пользовалось симпатиями правительств западных держав. Поэтому они склонялись к нейтралитету, который реально в большей мере работал на франкистов, чем на республику.
Как уже сказано выше, в руки мятежников в занятых ими портах и базах попал ряд боевых кораблей и вспомогательных судов, имевших разную степень готовности. В принципе, поначалу могли выйти в море только несколько канонерок и миноносцев. Остальные корабли пришлось поспешно приводить в состояние боевой готовности.
Однако нехватка личного состава серьезно тормозила этот процесс. Офицерский корпус франкисты пополняли путем мобилизации офицеров запаса и ускоренным присвоением офицерских званий в унтер-офицерских школах ВМФ. Ряды матросов они заполняли вербовкой добровольцев.
Чтобы как можно быстрее создать хоть какое-то подобие флота, для несения патрульной службы были вооружены около 30 реквизированных судов и рыболовных траулеров. Все они получили одну 76-мм пушку в носу, одну 47-мм пушку в корме, два зенитных пулемета и устройство для постановки мин.
Что касается строившихся и ремонтировавшихся кораблей, то первыми вступили в строй те, что находились в портах северо-западного побережья страны, где захваченные мятежниками верфи работали без всяких помех.
2 августа вступил в строй крейсер «Cervera», несколько дней спустя эсминец «Velasco», 15 августа линкор «Espana». Вскоре завершились работы по сдаче тяжелых крейсеров «Canarias» (вступил в строй 24 сентября) и «Baleares», однако не было принято решения относительно дальнейшего использования крейсера «Republica» (долгое время он играл роль плавучей батареи в Кадисе).
29 августа, согласно декрету «национального правительства», на кораблях снова были подняты флаги цветов испанской монархии (красный-золотой-красный). Флот возглавил адмирал Х. Сервера (J. Cervera), занявший пост начальника главного штаба флота.
После провала первого наступления на Мадрид, генерал Эмилио Мола направил значительные силы, поддерживаемый итальянской авиацией, на север, против Ируна и провинции Гипускоа (с центром в Сан-Себастьяне). Занятие Ируна отрезало бы Басконию и Астурию от поставок оружия и снаряжения из республиканской зоны транзитом через Францию.
Наступление войск Мола поддерживали с моря корабли мятежников, обстреливавшие Сантандер, Гваделупу и Фуэнтеррабия. 17 августа «Espana» и «Cervera», после того, как власти Сан-Себастьяна отвергли ультиматум мятежников, начали обстрел города, длившийся несколько дней. Но во время перестрелки береговые батареи республиканцы повредили крейсер «Cervera», в связи с чем ему пришлось уйти на ремонт в Эль-Ферроль.
26 августа начались бои за Ирун. В обстреле этого города участвовал линкор «Espana», но и он в начале сентября получил повреждения и тоже ушел на ремонт в Эль-Ферроль. Падение Ируна (5 сентября) предопределило судьбу Сан-Себастьяна. Подвергавшийся непрерывным обстрелам с крейсера «Cervera» (который уже вернулся из краткосрочного ремонта) и с эсминца «Velasco», а также авиационным налетам, город пал 13 сентября.
Таким образом, мятежники перерезали сухопутные пути снабжения республиканцев и тут же, используя слабость республиканского флота в этом районе (его представляли миноносец № 3, канонерка «Xauen» и несколько вооруженных рыболовных траулеров), приступили к блокаде побережья. Их траулеры заминировали подходы к Хихону, Бильбао и Сантадеру, а «Espana», «Cervera» и «Velasco» приступили к задержанию идущих туда судов с оружием, снаряжением и продовольствием.
Поначалу республиканский флот возглавлял Центральный Комитет, руководил которым капитан 1-ro ранга Педро Прадо, а роли «коллективных командиров» кораблей играли корабельные комитеты. Правительство Хираля сильно недооценило потребность в квалифицированных командных кадрах. Оно считало, что нехватку офицеров можно восполнить путем вербовки судовых офицеров гражданского флота, призыва резервистов, выдвижения способных унтер-офицеров на младшие офицерские должности.