Тем временем «Magallanes» на рассвете 30 мая встретился с республиканским отрядом и под его защитой двинулся в Картахену. В ночь с 30 на 31 мая в районе базы республиканские корабли встретились с броненосцем «Admiral Scheer» и 3 миноносцами. Опасаясь торпедной атаки республиканских эсминцев, шедших на левом фланге, немцы осветили свои флаги прожекторами. На следующий день итальянская авиация трижды бомбила порт, повредив ремонтировавшийся там крейсер «Cervantes» и потеряв при этом 2 самолета.
Бомбардировка броненосца «Deutschland» вызвала достаточно серьезные последствия. Гитлер созвал 30 мая чрезвычайное заседание правительства, которое решило в качестве ответа бомбардировать Альмерию. Уже утром 31 мая германский отряд («Admiral Scheer» и 4 миноносца) обстрелял город с дистанции 9,2―11 км. За 30 минут они выпустили 200 снарядов, в том числе 60 калибра 280 мм.
Береговая артиллерия исправно отвечала, она произвела 70 выстрелов из орудий калибра от 75 до 105 мм, однако не добилась ни одного попадания. Правда, немцы поставили дымовую завесу. В результате обстрела погибли 24 городских жителя, около 100 получили ранения, были разрушены несколько десятков строений, в том числе почти весь портовый квартал.
Кроме того, германское правительство заявило, что временно выходит из международного контроля морских границ Испании, однако и дальше будет блокировать ее побережье. При этом немецкие корабли получили приказ открывать огонь по любому республиканскому кораблю или самолету, который попытается к ним приблизиться.
Обстрел Альмерии вызвал бурю возмущения по всей Европе. Но вскоре, а именно 15 июня, германский легкий крейсер «Leipzig» подвергся в районе алжирского порта Оран атаке со стороны неизвестной подводной лодки, которая в течение 35 минут (с 9.25 по 9.58) выпустила в него 3 три торпеды. Все они прошли мимо. Второй раз этот же крейсер был атакован через три дня (в 3.37 ночи). От торпеды он увернулся, но в ходе маневрирования получил удар в подводную часть корпуса (видимо, столкнулся с подводной лодкой, либо не взорвалась попавшая в него торпеда).
Немцы, конечно же, обвинили в этой атаке республиканское правительство и, невзирая на его протест (во время атаки все правительственные подлодки находились в портах), потребовали от остальных держав проведения совместной карательной акции (вроде той, что они устроили в Альмерии), а также, чтобы испанское правительство выдало все свои подводные лодки. Поскольку Великобритания и Франция категорически отказались принять участие в подобном мероприятии, Германия и Италия с 23 июня отказались от участия в морском контроле.
«Неизвестные» (как позже выяснилось, франкистские) подводные лодки действовали также против республиканского торгового флота. Так, 1 июня они потопили в 50 милях от Барселоны теплоход «Ciudad de Ваrсеlоnа» (это сделала лодка «General Sanjurjo»), а 26 июня в 30 милях от Аликанте судно «Саbо Palos» стало жертвой субмарины «General Моlа».
В ответ каталонское правительство заявило 10 июня о формировании противолодочной флотилии района Каталонии. Аналогичное решение двумя днями позже приняло центральное правительство, которое создало противолодочную флотилию в районе Картахены.
Обе воюющие стороны действовали в июне довольно вяло. 7―8 и 27 июня крейсеры «Canarias» и «Baleares» обстреливали Паламос, Сан-Фелиу-де-Гиксольс, Калелью и Сагунто, а республиканские корабли (2 эсминца) 9 июня обстреляли Сеуту.
В июне республиканский флот понес серьезные потери. Сначала 6 июня транспорт «Magallanes», который снова отправился в СССР за оружием, протаранил во время смены курса охранявший его эсминец «Galiano». Это произошло примерно в 45 милях от африканского берега. Потеряв радиосвязь с транспортом, командование республиканского флота послало на разведку самолет. Экипаж самолета принял серьезно поврежденный эсминец за крейсер мятежников, в связи с чем было послано звено бомбардировщиков, едва не разбомбившее незадачливые корабли. Но в конце концов подошли четыре эсминца и успешно отбуксировали оба поврежденных корабля назад в Картахену.
17 июня, около полудня, на ремонтировавшемся в Картахене линкоре «Jaime I» произошел взрыв пороха в одном из погребов, а вспыхнувший от этого пожар вызвал детонацию снарядов зенитной артиллерии. Срочное затопление остальных погребов спасло корабль от полного уничтожения, однако он сел на дно гавани с креном на правый борт. На линкоре погибли (по разным данным) от 80 до 170 человек и еще 150―200 получили ранения или ожоги.
Причиной взрыва, скорее всего, стала не диверсия, а неосторожное обращение с боеприпасами. Так республиканский флот потерял свой самый сильный корабль, поскольку до окончания войны никакие ремонтные работы на нем уже не производились.
У мятежников 18 июня в Малаге погиб в результате пожара торпедный катер «Falange».