Восточнее Ханькоу были оборудованы два оборонительных рубежа, а вокруг города, на расстоянии от 10 до 60 км, проходили две линии полевых укреплений. Сам город тоже подготовился со стороны реки к противодесантной обороне, и систему которой вошли стоявшие в порту канонерки «Ming Chuen» и «Yung Sui». На территории иностранных концессий в пределах города тоже были возведены укрепления.
Всего в ханькоуской операции с китайской стороны приняли участие 106 пехотных дивизий, 1 танковый полк и артиллерия резерва верховного командования (более 1 миллиона солдат), при поддержке 281 самолета. Иначе говоря, на одного японского солдата приходились 4 китайских, что изначально ставило крест (невзирая на введение в действие в ходе операции еще 4-х японских дивизий) на главной цели японского наступления — окружении и полном уничтожении противника.
Ввиду столь крупного численного преимущества китайцев, главную роль в прибрежных действиях должен был сыграть японский флот, тем более, что в это время произошел разлив Янцзы. Это позволило японским кораблям входить во многие притоки реки и в близлежащие озера.
Операции предшествовали массированные налеты японской авиации на районы сосредоточения китайских войск, на аэродромы и сам город. С воздуха его зашикали 4 авиагруппы (180 истребителей, большей частью с советскими пилотами), базировавшиеся на аэродромах в Ханькоу, Наньчане и Сячане. Происходили ожесточенные воздушные бои. Например, 29 апреля из 54 японских самолетов был сбит 21 при потере 2 своих; 31 мая тоже из 54 самолетов были сбиты 15, при потере одного своего.
Сама операция началась 8 июня. В течение трех дней японцы ликвидировали подводную преграду в районе Цзичжоу. Одновременно десант морской пехоты захватил Увэйчжоу, а корабли флотилии подвергли бомбардировке Датунь. Для наступления на Анькин и укрепления Матаня были выделены 12 тысяч солдат (на 8 транспортных судах) и 80 орудий. Эту группировку поддерживали 150 самолетов и группа кораблей (3 крейсера, 7 эсминцев, 7 канонерок, 8 тральщиков).
Высадившись ночью 12 июня восточнее и западнее Анькина, десанты уже к утру овладели городом (вместе с войсками, наступавшими из района Хэфэй), и вышли на подступы к Матаню, охранявшему протоку между Янцзы и озером Тэнпо. 22 июня возле Доньлю японцы высадили ложный десант (всего-навсего 100 морских пехотинцев), который ввел в заблуждение китайское командование. Оно перебросило туда из района Матаня 3 пехотные дивизии.
Эта ошибка позволила японцам двумя днями позже высадить новый десант под Матанем (6 тысяч солдат), который с ходу попытался захватить укрепления, но был отброшен назад гарнизоном цитадели. В ночь с 24 по 25 июня китайцы перегруппировали силы и начали серию контратак, сделав невозможной высадку дальнейших десантов в районе восточных фортов Матаня. Только после обстрела укреплений химическими снарядами (они содержали фосген и хлор) японцам удалось высадить десанты на северном берегу Тэнпо и на южном берегу Янцзы (2 тысячи солдат), откуда они двинулись на Пэнцзе.
Китайцы попытались в ответ нанести удар по японским тылам, но огонь орудий с кораблей, стоявших за очередной подводной преградой, сорвал эти попытки. 26 июня форты Матаня пали, а через три дня был захвачен Пэнцзе. 5 июля японцы заняли оставленный китайскими войсками Хукоу, закончив тем самым первый этап ханькоуской операции.
Во время боев японская авиация потопила на реке китайские канонерки «Czu Tai» (1 июня), «Hsien Ning» (1 июля) и «Kiang Czen» (20 июля).
Затем в действиях на Янцзы наступил 20-дневный перерыв, во время которого японские корабли вели интенсивную работу по ликвидации навигационных преград и минных заграждений на реке. Тем временем японское командование собирало силы для удара на Цзюцзян.
Цзюцзян, важный порт, транспортный узел и место переправы войск через озеро Поянь (2 буксира, 2 парома, 100 грузовых джонок), должен был стать оперативной базой для нанесения последующего удара в сторону Ханькоу. Поэтому японское командование выделило для атаки на город 4 пехотные дивизии и несколько десантных судов, поддерживаемых 20 военными кораблями и многочисленной авиацией. Хотя район Цзюцзяна обороняли 6 китайских дивизий, здесь на реке не были устроены подводные преграды и не установлены минные заграждения; кроме того отсутствовала зенитная артиллерия. Китайские войска остро это ощутили, когда 12 июля японская авиация начала свои губительные налеты (в частности, она уничтожила переправу через Поянь).