Трактование и практическое применение трибуналами перечисленных выше статей Кодекса существенно различалось. Безусловно, и прокуратуры, и военные трибуналы, по своей сути в любом случае являлись инструментом управления армией в руках военно-политического руководства и, в целях единства этого управления, должны были действовать согласованно. Соответственно, при декларируемой независимости, в реальности от них ожидалось выполнение рекомандаций или прямых указаний военного командования, политотдела и особого отдела фронтового (окружного) или армейского (корпусного) уровня. На практике, однако, взаимодействие военных прокуратур и трибуналов с местным командованием было достаточно сложным.
До середины июля 1939 года проблемы «что делать с возвратившимися пленными» перед прокуратурой и военным трибуналом 57-го особого корпуса не стояло. Первые аресты по таким делам были произведены 10–17 июля, однако в этот период трибунал и прокуратура были перегружены делами самострельщиков и беглецов с поля боя. Затем, в результате конфликта с командованием корпуса, был отстранен от должности прокурор корпуса военюрист 1-го ранга О.Д. Хуторян и его сменил военюрист 1-го ранга А.И. Митин. В результате этого следствие по делам арестованных Хуторяном бывших военнопленных Хутакова, Бондаренко и Пехтышева затянулось и их дела были переданы в трибунал только по окончании боевых действий.
К этому времени прокуратура и трибунал получили «генеральную линию» в вопросе отношения к бывшим военнопленным, сформулированую приехавшим на фронт 8 августа начальником ПУ РККА Л.З. Мехлисом. В соответствии с его требованиями политические органы РККА в лице политотдела 1-й Армейской Группы усилили разъяснение значения военной присяги и постановлений правительства о каре за измену Родине:
Инструкции Мехлиса предназначались, в первую очередь для комиссаров частей и политруков подразделений, задачей которых было предотвращение пленения, но не наказание за таковое. Поэтому они формулировались в максимально жестких выражениях, выходивших за рамки действовавшего законодательства, отнюдь не приравнивавшего плен к предательству. Однако для военного трибунала Армгруппы определение Мехлиса стало прямым указанием к действию. В октябре 1939 г. находившимся под его юрисдикцией красноармейцам Хутакову, Бондаренко и Пехтышеву было предъявлено обвинение – первым двоим по ст. 58–16, третьему – по ст. 193-22. 90-й военный трибунал 1-й Армейской группы (председатель военюрист 1-го ранга К.П. Шурыгин) во всех случаях согласился со следствием и признал подсудимых виновными. При этом обстоятельства дела Максима Пехтышева вполне допускали вынесение если не оправдательного приговора, то по крайней мере условного – однако сокращение срока заключения до 6 лет оказалось для трибунала максимумом возможного. Вероятно, 90-й военный трибунал при вынесении приговора Пехтышеву не находился под непосредственным давлением военного командования или политорганов, но руководствовался не законом, а «установкой товарища Мехлиса», высказанной с совершенно иной целью…
Позиция Военного Трибунала Забайкальского Военного Округа, судившего бывших военнопленных, переданных японцами 27 сентября, напротив, оказалась неожиданно независимой.
В Военный Тибунал ЗабВО были переданы 22 следственных дела в общей сложности на 38 человек (4 групповых дела, по которым проходило от 2 до 10 человек и 18 индивидуальных). В групповое дело объединялись материалы на лиц, попавших в плен в составе группы или танкового экипажа. Дела рассматривались тремя составами Военного Трибунала под председательством: