После падения Парижа Макдональд (31 марта 1814 года) был в числе маршалов, потребовавших от Наполеона отречения от престола. Входил в состав делегации, направленной Наполеоном к союзникам для согласования условий отречения его в пользу малолетнего сына. В результате предательства маршала О. Мармона переговоры закончились неудачей — русский император Александр I от имени всех союзных монархов потребовал безусловного отречения Наполеона.
Макдональд оставался с Наполеоном до конца, приложив немало усилий, чтобы смягчить участь членов семьи павшего императора. Он покинул его последним из маршалов. Наполеон оценил преданность Макдональда. Прощаясь с маршалом, он подарил ему на память драгоценную саблю, привезенную из Египта. Растроганный до глубины души Макдональд не мог сдержать своих чувств. «Сир, если у меня когда-нибудь будет сын, я передам эту саблю ему как самое ценное фамильное достояние!» — дрожащим от волнения голосом заверил он своего императора. Сцена прощания растрогала и самого Наполеона. Забыв об этикете, он молча стиснул маршала в своих объятиях…
После отречения Наполеона (6 апреля 1814 года) Макдональд перешел на сторону Бурбонов. Король Людовик XVIII сделал его пэром Франции, наградил орденом Св. Людовика, назначил командующим 21-м военным округом (Бурж) и ввел в состав Высшего военного совета. Когда в Париже было получено известие о бегстве Наполеона с острова Эльбы и высадке его во Франции (март 1815 года), Макдональд получил приказание отправиться вместе с графом д’Артуа (брат короля) в Лион, возглавить находившиеся там войска и уничтожить «дерзкого авантюриста». Выполнить этот приказ короля Макдональду не удалось: войска, которые он возглавил на востоке Франции, при первом же соприкосновении с крохотным отрядом Наполеона перешли на его сторону. Сам маршал вынужден был бежать в Париж, где по поручению короля вместе с герцогом Беррийским возглавил еще одну армию, собранную близ столицы. Однако и эта армия перешла на сторону Наполеона, как только тот приблизился к Парижу. Проводив бежавшего из страны короля до границы, Макдональд вернулся в Париж и поступил рядовым солдатом в Национальную гвардию. От предложения вновь поступить на службу к Наполеону он отказался, сославшись на болезнь. Его «болезнь» продолжалась ровно сто дней, до возвращения Бурбонов. Вступление же Макдональда в Национальную гвардию, да еще рядовым солдатом, являлось не более чем красивым жестом. В событиях «Ста дней» он никакого участия не принимал.
После второго отречения Наполеона и повторного занятия союзными войсками Парижа на Макдональда была возложена очень трудная, опасная и весьма деликатная задача — распустить отступившую за реку Луару французскую армию. Эта задача была им успешно выполнена.
Лояльность Макдональда по отношению к Бурбонам, его демонстративный отказ вновь встать под знамена императора получили с их стороны должную оценку. Сразу же после 2-й Реставрации (1815) он был назначен Великим канцлером Почетного легиона (занимал эту необременительную, но очень почетную должность до 1831 года), генералом королевской гвардии и государственным министром, а также награжден командорским крестом ордена Св. Людовика. В 1820 году последовали новые награды: Большой крест ордена Св. Людовика и орден Св. Духа, в 1825-м — Большой крест ордена Св. Иоанна Иерусалимского. Из иностранных наград имел только орден Железной короны (Италия).
Все годы правления Бурбонов Макдональд заседал в палате пэров, был вхож в королевский дворец и пользовался большим влиянием в правящих кругах. Крест на его карьере государственного деятеля поставила Июльская революция 1830 года. Он лишился всех занимаемых постов и поместье Курсель-ле-Руа, где в полном уединении и провел последние годы жизни. Написал мемуары. Скончался маршал Макдональд на 75-м году жизни в окружении своего многочисленного семейства. Когда в Париж пришла, весть о кончине Макдональда, то там были нимало удивлены, так как все считали, что он уже давно ушел из жизни.
Как и многие наполеоновские маршалы, был похоронен в Париже на кладбище Пер-Лашез. Память о маршале Макдональде французы увековечили в названии одного из парижских бульваров, названных именами героев великой эпопеи Первой империи.