Мужественно сражался со своим корпусом в Лейпцигском сражении («битва народов») [4—7 (16—19 октября 1813 года]. Под ним в ходе этого сражения были убиты 5 лошадей, но сам маршал уцелел, даже не был ранен. Разбитая под Лейпцигом французская армия отступала. Макдональд со своим корпусом прикрывал ее отход. Медленно отступая к реке Эльстер, возглавляемый им арьергард армии стойко сдерживал мощный натиск противника, напирающего со всех сторон. И вдруг, когда до реки оставалось уже совсем немного, в тылу французов раздался мощный взрыв — то взлетел в воздух единственный мост, по которому арьергард должен был отойти за Эльстер. Путь к отступлению оказался отрезанным. Арьергард был обречен. Дальнейшее сопротивление в городе Лейпциге потеряло всякий смысл. В сложившейся обстановке, которая по существу стала безвыходной, так как выбор был невелик — плен или смерть, — каждый мог рассчитывать только на себя. Маршал Макдональд бросается в клокочущую под вражескими пулями и ядрами реку и вплавь преодолевает ее. С того берега до него доносятся душераздирающие крики: «Господин маршал, спасите нас!» Там погибали в неравной борьбе последние остатки его корпуса, вчерашние новобранцы, еще мальчишки, досрочно призванные в армию по приказу Наполеона. Они не просили пощады у врага, да он, особенно пруссаки, ее и не давал. Разъяренные упорным сопротивлением противника солдаты союзников расстреливали прижатых к реке французов почти в упор, рубили их саблями, раненых добивали штыками. И он, их командир, ничем не мог им помочь. Едва успев переодеться после ледяной купели, маршал предстал перед императором, чтобы доложить ему о преступной халатности саперов, преждевременно взорвавших мост, и гибели арьергарда.
Он нашел Наполеона в небольшом сельском домике сидевшим в глубокой задумчивости за столом, подперев голову рукой. При виде вошедшего в комнату маршала, которого уже считали погибшим, император проявил полное безразличие и не стал даже его слушать. В ответ на приветствие только что вернувшегося из пекла битвы Макдональда Наполеон сухо произнес: «Идите, отдыхайте» и отвернулся. Макдональд был буквально потрясен таким безучастием и холодным равнодушием своего главнокомандующего. Круто развернувшись, он вышел из комнаты и почти бегом пробежал мимо штабных офицеров, не стыдясь застилавших глаза слез.
С присущей ему неустрашимостью Макдональд действовал и в сражении при Ганау [18 (30) октября 1813 года], где остатки Великой армии, с боем проложили себе путь во Францию. В конце 1813 года получил приказ сформировать в районе Кельна новый корпус, но выполнить его не смог и был вынужден с небольшим отрядом отступить во Францию.
В кампании 1814 года, командуя корпусом, отважно сражался при Мормане, Ножане, Лаферте-сюр-Об и Сен-Дизье. В ходе этой короткой кампании Наполеон превзошел самого себя. В почти безнадежной, казалось бы, ситуации он с ничтожными силами раз за разом громил противника, имеющего огромное превосходство в силах, одержал целый ряд блестящих побед, следующих одна за другой. Его маршалы по-прежнему храбры и отважны. Кампания 1814 года изобилует примерами, когда они со шпагой в руке лично водили в атаку не только полки и дивизии, но даже и отдельные батальоны. Но вместе с тем все эти испытанные в многочисленных битвах боевые соратники императора были до предела переутомлены, а их моральный дух надломлен. Они больше уже не верили в успешный исход войны и считали ее дальнейшее продолжение бессмысленным. Во всех своих бедах высшие военачальники наполеоновской армии винили только императора, одержимого, как они считали, непомерной гордыней и невероятным упрямством. И от внимания Наполеона эти изменения в настроении его ближайших боевых сподвижников не ускользают. Он интуитивно чувствует, что маршалы пытаются в той или иной форме саботировать его усилия, направленные на то, чтобы переломить ход событий в свою пользу. Когда требовалось проявить инициативу и решительность в боевой обстановке, пойти на обоснованный риск, маршалы обычно проявляли пассивность и нерешительность, ссылаясь на разного рода обстоятельства. Иногда дело доходило даже до прямого неповиновения. Так, храбрый Макдональд просто отказался выполнить приказ Наполеона пойти на штурм Витри. «Рискуйте своей гвардией, если хотите, — заявил он императору, — а мои войска не в состоянии выполнить сейчас эту задачу». И маршал демонстративно повернулся спиной к своему главнокомандующему. Поступок военачальника в боевой обстановке просто немыслимый! Но стесненный в средствах воздействия на своих подчиненных и даже в какой-то мере зависимый от них в сложившейся обстановке Наполеон, хотя и скрепя сердце, был вынужден с этим мириться.