Требования Москвы были выполнены. Созданные в Литве, Латвии и Эстонии новые правительства состояли из дружественно настроенных к СССР политических деятелей. Вышедшие из подполья коммунистические партии заняли ведущее положение в общественной жизни. На стихийно возникающих массовых митингах выдвигались требования не только соблюдать договоры о взаимопомощи с СССР, но и провозгласить в прибалтийских республиках советскую власть с последующим вхождением в состав СССР. 14–15 июля в Эстонии, Латвии и Литве состоялись выборы в новые верховные органы власти. Менее чем через неделю, 21 июля 1940 года, вновь избранные парламенты обратились в Москву с просьбами о принятии прибалтийских республик в Советский Союз. Обращения были удовлетворены 7-й сессией Верховного Совета СССР, и 3 августа — Литва, 5 августа — Латвия, и 6 августа — Эстония стали советскими республиками.
Рейх отреагировал незамедлительно. Летом 1940 года по заданию немецко-фашистской разведки в Литву нелегально прибыл бывший посол буржуазной Литвы в Германии полковник Казимир Шкирпа. Этот визит положил начало деятельности организованного контрреволюционного подполья.
Общая граница, хорошо налаженные связи дали возможность Германии основательно внедриться в экономику Литвы. К моменту прихода частей Красной Армии в Литве имелось около 300 немецких предприятий, в том числе 49 мастерских и фабрик, лесопильные и кирпичные заводы, электростанции, автомобильные базы, 88 торговых точек и т. п. Когда в Литву вошли войска Красной Армии, часть немецких предприятий стала использоваться спецслужбами фашистской Германии как базы для конспиративной разведывательной работы.
Учитывая, что далеко не все местные жители были в восторге от вхождения Литвы в состав СССР, националисты имели неплохую базу для пополнения своих рядов. В ноябре 1940 году под руководством и при активном участии германских спецслужб была создана подпольная организация «Фронт литовских активистов», которая объединяла таутининков, христианских демократов, шаулисов. Во главе Фронта стал полковник Шкирпа.
Указания по разоружению Литвы:
«…разоружать по всей стране красную милицию, сотрудников ГПУ, арестовывать их и ликвидировать:
— арестовать всех комиссаров, политруков и прочих, на кого опирается советский режим;
— уничтожить центр и отделы компартии, арестовать всех активных членов этой партии и ее подразделений;
— заставить евреев бежать из Литвы;
— занять важнейшие учреждения в центре и в провинции — предприятия, ж. д. станции, центральный почто-телеграф, крупные склады;
— устраивать всевозможные препятствия для отступающей Красной Армии, нападать из-за угла и разоружать эти части».
21 мая 1941 года в документах Восточно-прусского управления германской военной разведки (Абвер-2) отмечалось: «Восстания в странах Прибалтики подготовлены, и на них можно надежно положиться. Подпольное повстанческое движение в своем развитии прогрессирует настолько, что доставляет известные трудности удержать его участников от преждевременных акций. Им направлено распоряжение начать действия только тогда, когда немецкие войска, продвигаясь вперед, приблизятся к соответствующей местности с тем, чтобы русские войска не могли участников восстания обезвредить».