«За последние месяцы в республике значительно растет активная враждебная деятельность. Этому способствует непосредственная близость границы и подрывная деятельность германских разведывательных органов.
За февраль — март — апрель 1941 года органами НКГБ в Литве арестовано 262 человека.
Следственным путем установлено, что повстанческие ячейки в уездах республики создаются немцами через так называемый «Литовский комитет», откуда непосредственно исходит руководство, директивы, материальная помощь и снабжение оружием. В распространяемых листовках намечаются даты восстания, приуроченные к военным действиям между Германией и СССР».
В условиях надвигавшейся военной угрозы ЦК ВКП(б) и СНК СССР приняли постановление об очистке республик Прибалтики от неблагонадежных элементов. В ночь с 13 на 14 июня 1941 года силами органов государственной безопасности были произведены аресты и высылка участников контрреволюционного движения и членов их семей. Депортация 14 июня 1941 года имела выраженные черты деформаций, присущих периоду культа личности И. Сталина. Она проводилась на основании оперативных материалов органов госбезопасности без законного судебного производства.
Из материалов докладной записки НКГБ СССР № 2288/М в ЦК ВКП(б), СНК СССР и НКВД СССР об итогах операции по изъятию антисоветского, уголовного и социально опасного элемента в Литве, Латвии и Эстонии от 17 июня 1941 года:
«Подведены окончательные итоги операции по аресту и выселению антисоветского, уголовного и социально опасного элемента из Литовской, Латвийской и Эстонской ССР.
По Литве: арестовано 5664 человека, выселено 10 187 человек, всего репрессирован 15 851 человек».
Среди высланных — не только лидеры националистических формирований, представители госаппарата, промышленники, офицеры литовской армии, полицейские, жандармы, тюремщики, в отношении которых имелись компрометирующие материалы, но и уголовники, проститутки.
Странная получилась ситуация. За неделю до войны в глубокий тыл отправили, как сегодня говорят либеральные политики, «цвет литовского народа», а заодно и уголовников. Но ведь тем самым абсолютному большинству из них сохранили жизнь. А те, кто остался на родине, на себе испытали прелести уже не красного, а фашистского террора. Тем не менее эти чрезвычайные меры позволили пресечь деятельность таких крупных профашистских организаций, как Шаулиский батальон смерти, Фронт активистов Литвы, Гвардия обороны Литвы, Культурфербанд и других. Однако некоторая часть глубоко законспирированных и умело маскировавших свою враждебную деятельность групп продолжала оставаться базой для германских разведывательно-диверсионных центров.
Вместе с созданием разветвленной сети подрывных структур на территории Литвы, в самой Германии по указанию Гитлера уже разрабатывалась программа колонизации и «онемечивания» восточного пространства.
Непосредственной подготовкой Генерального плана «Ост» занималось Главное управление имперской безопасности (РСХА), подчиненное непосредственно Генриху Гиммлеру. В осуществлении плана активная роль принадлежала созданному в июле 1941 года имперскому министерству по делам оккупированных восточных территорий («восточное министерство»), которое возглавлял Розенберг.
Из письма рейхсляйтера А. Розенберга рейхскомиссару X. Лозе: