Наутро оказалось, что действия Мстиславского и Воротынского были отвлекающим манёвром: отряд Скопина-Шуйского бросился на штурм казачьего лагеря в Заборье.
Болотников послал в Заборье Истому Пашкова с отрядом в пятьсот всадников. Наступил тот самый момент, которого так ждал епифанец. По заранее обусловленному знаку он ринулся в гущу вражеского войска. Кавалерия Шуйского впустила весь отряд, а затем сомкнула кольцо. Те из отряда Пашкова, кто не знал о его предательстве, были мгновенно разоружены и связаны. Попал в плен и сын одного из главных военачальников Юрия Беззубцева — Дмитрий.
Оставив под Заборьем пушкарей и стрельцов, Скопин-Шуйский оборотил своё войско, усиленное верными Пашкову епифанцами и подоспевшими воинами Ивана Шуйского, во фланг мятежников. Сам Болотников кидался из одной схватки в другую, поражая десятки врагов, но силы были неравны. Поняв безвыходность положения, он наконец внял настойчивому совету Буссова и дал команду к отступлению. Минуя свой лагерь в Коломенском, где осталось всё имущество, Болотников уходил той дорогой, что пришёл в Москву, к Серпухову.
На его счастье, Скопин-Шуйский не пустился в преследование. Он повернул к Заборью, заботясь о судьбе оставшихся там стрельцов. Ведь казаки в любую минуту могли узнать, что число осаждающих значительно уменьшилось.
Однако казаки, занятые тушением огненных ядер, не поняли, что произошло. Скопин выслал парламентёров с предложением добровольно сложить оружие, обещая сохранить сдавшимся жизнь и место в правительственном войске. Поначалу он получил дружный отказ, но на третий день осады казаки, поняв бессмысленность сопротивления, стали сдаваться десятками. Те же, что продолжали сопротивляться, в конце концов были схвачены. Их ждала смерть...
Пятого декабря 1606 года Василий Шуйский поспешил разослать по всем верным ему городам ликующую весть о полном разгроме восстания:
«Дворяне и дети боярские рязанцы, коширяне, туляне, коломничи, алексинцы, калужане, козличи, мещовчане, лихвинцы, белёвцы, болховичи, боровичи, медынцы и всех городов всякие люди нам добили челом и к нам все приехали, а в городах у себя многих воров побили и живых к нам привели и города очистили».
Верный своей натуре, Шуйский и на сей раз, мягко говоря, приукрасил события. Серпухов, Алексин, Тула, Козельск, Белев, Волхов сохранили верность Болотникову. Убедившись, что преследование прекратилось, он сумел быстро перестрочить в походный порядок разрозненные группы воинов.