Сам же явился к царю с 25 своими чиновниками и, сойдя с коня, упал перед ними на колени, моля о прощении. Свидетель пишет, что царь бил герцога кулаками и кнутом, «для спасения жизни Магнус должен был стрепетом проползти несколько тысяч шагов до палатки великого князя и просить у него со слезами прощения». Иван приказал взять его и его чиновников под стражу и бросить в конюшню, где все они несколько дней провели без еды, на грязной соломе. О том, что затем произошло с жителями Вендена, расскажем словами Карамзина:
«Россияне без сопротивления вступили в город. Воеводы, князь Голицын и Салтыков, не велели им трогать жителей; везде поставили крепкую стражу; очистили домы для государя и бояр. Все казалось мирно и тихо. Но Магнусовы немцы (около 300 человек), боясь свирепости Иоанновой, с женами, с детьми, с драгоценнейшим имением укрылись в замке и не отворяли его.
Россияне хотели употребить силу: немцы начали стрелять, убили многих детей боярских, ранили воеводу Салтыкова; не слушались даже и Магнуса, которой приказывал им сдаться. Узнав о том, гневный царь велел знатного пленника, Георга Вильке, посадить на кол, пушками разбить замок, умертвить всех немцев.
Три дня громили стены: они валились; не было спасения для осаждённых. Тогда один из них сказал: «Умрем, если так угодно Богу; но не дадим себя тирану на муки. Подорвем замок!» Все изъявили согласие, даже и пасторы, с ними бывшие. Наполнили порохом своды древнего магистерского дома; причастились Святых Таинств; стали на колена, рядом, семействами: мужья с женами, матери с детьми; молились усердно — и видя стремящихся к ним россиян, дали знак: сановник Магнусов Генрик Бойсман бросил в окно горящий фитиль на кучу пороха… с ужасным треском взлетело здание.
Все погибли, кроме Бойсмана, оглушенного ударом, изувеченного, но еще живого, найденного в развалинах. Через несколько минут он испустил дух, и мертвый был посажен на кол! Страшная месть пала и на мирных жителей: мучили и казнили, секли и жгли их, на улицах бесчестили жен и девиц. Трупы лежали вокруг города непогребенные. Одним словом, сия «Венденская кара» принадлежит к ужаснейшим подвигам Иоаннова тиранства: она удвоила ненависть ливонцев к россиянам».
Заняв после Вендена еще несколько замков и небольших городов, Иван направился к Вольмару, где устроил пир для своих воевод и для нескольких знатных литовских пленников. Последних он 12 сентября велел отпустить домой, подарил каждому шубу и кубок и напутствовал следующими словами:
«Идите к королю Стефану, убедите его заключить мир со мною на условиях, мне угодных, ибо рука моя высока! Вы видели, да знает и он!»
Среди отпущенных был князь Александр Ян Полубенский (ок. 1545–1607) — воевода Вольмарский и Земгальский. Вместе с ним царь отправил издевательские письма гетману Ходкевичу, князю Курбскому, бывшим своим советникам Таубе и Крузе, а также «сыну боярскому» Тетерину-Пухову.