С другой стороны, в 1620 году при его активном участии все реестровые казаки вступили в киевское Богоявленское православное братство. Тем самым они превратили его в легальную верхушку мощной православной оппозиции, постоянно подогревавшейся московскими церковными деятелями.
В сентябре — октябре 1621 года реестровые, городовые и запорожские казаки, а также пресловутые «казаки-крестьяне», во главе с Сагайдачным, участвовали в знаменитой битве под Хотиным, где они вместе с поляками и литвинами под командованием коронного гетмана Станислава Любомирского разгромили стотысячную турецкую армию султана Османа II. При этом поляков и литвинов было около 26 тысяч, казаков — до 20 тысяч.
Но примерно через год после битвы, когда Сагайдачный уже умер, власти Республики потребовали от старшин, чтобы все «самозванные» казаки вернулись в крестьянское сословие. Те наотрез отказались выполнить этот приказ.
Тогда летом 1625 года новый коронный гетман Станислав Конецпольский с 15-тысячным войском предпринял карательный поход против них. После ряда мелких стычек, 30 октября 1625 года Конецпольский разбил «самозванных» и запорожских казаков, которых возглавлял гетман Марк Жмайло, у старого городища возле Курукова озера. Однако казаки сохранили при этом значительные силы, поэтому на месте сражения все же состоялись переговоры. 5 ноября казаки выбрали вместо погибшего Жмайло своим гетманом Михаила Дорошенко (деда известного позже гетмана Петра Дорошенко), а на следующий день он подписал соглашение с поляками.
По нему городовые и запорожские казаки официально признали себя подданными польского короля. В ответ король увеличил число реестровых казаков вдвое (до 6 тысяч), но остальных велел считать крестьянами. Численность последних («выписанных») неизвестна, источники дают ее с очень широкой разбежкой: от восьми до двадцати пяти тысяч человек!
Из шести тысяч реестровых казаков одна тысяча должна была по очереди находиться за Днепровскими порогами, не пускать неприятеля к переправам через Днепр и не допускать вторжения его в королевские земли. Всем запорожским казаком отныне запрещалось предпринимать как сухопутные, так и морские набеги на земли мусульман.
Реестровые казаки составили шесть полков (округов): Киевский, Переяславский, Белоцерковский, Корсуньский, Каневский, Черкасский (позже появились и другие полки, например, Брацлавский, Нежинский, Черниговский). Центром полка являлся город (отсюда названия), где находилась полковая старшина. Каждый полк делился на десять сотен. Артиллерия и войсковая «музыка» (трубачи, барабанщики и др.) размещались в Каневе. Над всеми полками стояла войсковая старшина во главе с гетманом. Что касается запорожцев, то они сохранили свою собственную военную организацию.
Но уже через несколько месяцев после Куруковского договора 70 запорожских «чаек» вышли в Черное море. Дело в том, что в 1628 году в Крыму произошел переворот, вместо хана Мухаммеда-Гирея II престол в Бахчисарае занял Джанибек-Гирей. Тогда свергнутый хан обратился за помощью к гетману Михаилу Дорошенко. Тот повел казаков (реестровых, городовых и запорожских) в Крым, не беспокоя короля Сигизмунда III извещением об этом предприятии. Однако в сражении с татарами в степном Крыму казацкое войско потерпело поражение, сам Дорошенко погиб, его отрубленная голова долго красовалась на стене Кафы (нынешней Феодосии).
После гибели Дорошенко казаки раскололись. Коронный гетман Конецпольский утвердил их гетманом Григория Черного, но большинство казаков предпочло другого кандидата — Тараса Трясило, выступавшего за «неподлеглосць» (независимость) казацкого войска.
Спасаясь от Черного, Трясило убежал в Сечь к запорожцам. Примерно через полгода он вышел оттуда в поход. Шедшие с ним казаки распускали слухи, будто бы они идут к Черному для того, чтобы дать ему клятву в своей верности. Черный поверил, предстал перед запорожцами, но был схвачен и по приказу Трясилы изрублен на куски. После этого Трясила предъявил свои требования полякам: выдать ему для расправы приверженцев Черного, вывести из трех украинских воеводств королевские войска, аннулировать Куруковское соглашение, зачислить в казацкое сословие всех желающих.
Надо сказать пару слов о последнем из перечисленных требований. Как мы видим, в основе так называемого «освободительного движения» украинского казачества лежал, прежде всего, материальный фактор. Огромная толпа бездельников, не желавших заниматься производительным трудом, требовала признать их «лыцарями» (т. е. служилым сословием, шляхтой) и обеспечить жалованьем. Но при этом они не желали подчиняться властям Речи Посполитой, соглашаясь быть с ними «заодно» лишь с одной целью — «воевать Крым и басурманские земли». С учетом данного обстоятельства становится ясно, что стремления сторон, мягко говоря, не совпадали. К тому же Республика Обоих Народов никогда не обладала средствами, позволявшими ей содержать многочисленную постоянную армию. Поэтому власти не могли идти на поводу у шантажистов, даже если бы хотели. Впрочем, они и не хотели.