В это же время на юго-востоке ВКЛ бесчинствовал отряд реестровых казаков М. Шавли (или Шавлы), поддерживавшего Наливайко. Весной 1596 года казаки Шавли через Пропойск и Быхов ушли на Черниговщину. 23 апреля оба атамана соединились возле Белой Церкви и двинулись вниз по Днепру, стремясь перейти московскую границу. Но коронное войско гетмана С. Жолкевского перерезало им путь. Тогда казаки быстро построили укрепленный лагерь на реке Солоница, неподалеку от города Лубны, где и засели.
Осада лагеря растянулась на две недели. За это время возникли серьезные разногласия между реестровыми и нереестровыми казаками. Первые, надеясь на помилование, 7 (17 н. ст.) июля захватили Наливайко, Шавлю, других командиров и выдали их Жолкевскому. Во время переговоров коронное войско внезапно атаковало лагерь. Несколько тысяч повстанцев были убиты, удалось бежать лишь двум — трем сотням.
Шавлю и других пленных бандитов Жолкевский казнил на месте, Наливайко он отправил в Варшаву. Там его казнили 1(11) апреля 1597 года «лютой смертию», т.е. заставив изрядно помучаться. Впрочем, это стало слишком слабым утешением для родственников тех тысяч мужчин и женщин, стариков и детей, которых ограбили до нитки, искалечили, умертвили самыми зверскими способами эти садисты.
Вот что рассказывает «Баркулабовская летопись»:
«Лета божого нароженя 1595, месяца ноябра 30 дня в понеделок за ты-день пред святым Николою, Севериян Наливайко; при нем было Козаков 2000... мъсто славное Могилев, мъсто побожное, домы, крамы, острог выжгли, домов всех яко 500, а крамов з великими скарбами 400. Мещан, бояр, людей учтивых так мужей, яко и жон, детей малых побили, порубали, попоганили, скарбов теж незличоных побрали с крамов и з домов.
Тут же войско литовское Радивила Троцкого, гетмана литовского, до Могилева у погоню за козаками притегнули, люду рыцерского конного, збройного , татар 4000, литвы 14000. Над тым людом был гетманом на имя Миколай Буйвид. В той час Наливайко лежал у Могилеве две недели.
Услышал о том Наливайко, иж гетман з великим людом и з делами до Могилева тягнет, тогды Наливайко з Могилевского замку на гору Илинскую, где тепер церков святаго Георгия стоит, бо на тот час не было, выехал. А так войско литовское наполи Буйницком, именю велможного его милости князя Богдана Соломерецкого, старосты кричевского и олучицкго, на войско Наливайково вдарили и кругом оступили. Там же зранку аж до вечера, яко бы вже к вечерни звонити час, межи собою битву мели, яко ж литва з войском великим натискали на войско Наливайкино. Пред се один другому войску мало шкоды учинили, бо великую армату, так дал и гаковниц, пулгаков велми при собе множство мел, также люд свой отаборив конми, возами, людом, шол моцно. Яко ж з дела /пушки/ с табору Наливайкины козаки пана зацного пана Григория Анюховского забили; первей коня под ним застрелили, а потом, выпадши с табору, козаки его самого разсекали. Тепер желитва от Козаков отступивши, до Могилева на болший луп поехали, а козаки на всю ноч ехали до Быхова аж на Низ. Литва за козаками гналася аж до Рогачева, да ничого згола не вчинили козаком; а литва и татары рушилисядо Менска, до Новагорода и до Вилни, набравшися тутешнего краю лупу.
А иж козаки Наливайкиного войска почали творити шкоду великую замком и паном украйного замку. Того ж року 1595, з войском литовским погонявши в селе Лубни, на речце Суде, Козаков побили. Первей Савулу стили, Панчоху чвертовали, а Наливайка Северина, поймавши по семой суботе, до кроля послапи, там же его, замуровавши, держали аж до осени святаго Покрова; там же его чвертовано».
В начале XVII века гетман запорожских казаков Петр Конашевич-Сагайдачный вел двойственную политику по отношению к Польскому королевству. С одной стороны, он пытался увеличить за счет запорожцев число реестровых казаков, расширить привилегии казацких старшин. Он уверял польское правительство, что если оно станет опираться на казачью верхушку и прекратит гонения на православную церковь, то казаки удержат всю Украину в повиновении Короне.
С другой стороны, в 1620 году при его активном участии все реестровые казаки вступили в киевское Богоявленское православное братство. Тем самым они превратили его в легальную верхушку мощной православной оппозиции, постоянно подогревавшейся московскими церковными деятелями.
В сентябре — октябре 1621 года реестровые, городовые и запорожские казаки, а также пресловутые «казаки-крестьяне», во главе с Сагайдачным, участвовали в знаменитой битве под Хотиным, где они вместе с поляками и литвинами под командованием коронного гетмана Станислава Любомирского разгромили стотысячную турецкую армию султана Османа II. При этом поляков и литвинов было около 26 тысяч, казаков — до 20 тысяч.
Но примерно через год после битвы, когда Сагайдачный уже умер, власти Республики потребовали от старшин, чтобы все «самозванные» казаки вернулись в крестьянское сословие. Те наотрез отказались выполнить этот приказ.