После взятия стольких городов, после взятия столицы литовской царствующий град затрепетал за собственную безопасность: в августе по государеву указу люди всех чинов спешили на земляные работы для укрепления Москвы. Сам царь с боярами часто присутствовал при работах; окрестные жители с семействами, пожитками наполняли Москву, и шел слух, что государь уезжает за Волгу, за Ярославль».
Отдохнув после битвы и массовой резни пленников, Камиль-Мухаммед и Выготский двинулись к Конотопу но главные силы московитов уже ушли оттуда, выставив позади сильный арьегард. Хан и гетман попытались догнать Трубецкого, однако лихие конные атаки татар и казаков встречала картечь многочисленных пушек. Понеся потери, союзники двинулись к Ромнам. В свою очередь Трубецкой с оставшейся у него частью войск 19 июля вернулся в Путивль.
Выговский и Камиль-Мухаммед осадили Ромны, где находился небольшой московский гарнизон. Выговский пообещал отпустить московитов домой с оружием в руках, если они сдадут город без сопротивления. Но свое обещание он нарушил: разоружил московитов и отдал их татарам.
От Ромен гетман и хан пошли к Гадячу. Жители отказались открыть им ворота. Казаки пошли на приступ, тогда как хан отказался тратить своих людей на это предприятие. Крымские татары крайне редко штурмовали города. Потеряв свыше тысячи человек, гетманские казаки отступили от стен Гадяча.
Эта осечка ни в коей мере не могла затмить главное: колоссальное поражение московского войска у Конотопа. Казалось, что Выговский в ближайшее время добьет всех своих противников, после чего в Украине наступят мир и процветание. Но не тут-то было.
Уже давно у запорожских казаков стало традицией грабить татарские улусы, когда хан отправлялся с войском в поход. Ведь с ханом уходило подавляющее большинство взрослого мужского населения. Так было и в этот раз.
Атаман Иван Серко с тысячей запорожцев спустился на лодках по Южному Бугу и начал погром. Молодой Юрий Хмельницкий тоже решил себя проявить: собрал две тысячи запорожцев, с которыми на 50 «чайках» двинулся к берегам Крыма. Его казаки высаживались под Кафой (Феодосией), Балаклавой и Керчью, углублялись вглубь полуострова до 50 верст, взяли большой «хабар», освободили полторы сотни своих товарищей. Узнав об этом, хан Камиль-Мухаммед с главными силами срочно двинулся в Крым, оставив Выговскому 10 тысяч своих конников.
Ян Выговский из Чигирина отправил казацко-татарское войско под командованием своего брата Данилы Выговского: во второй
раз пытаться выбить «москву» из Киева. Но 22 августа 1659 года отряд воеводы В. Б. Шереметева вышел ему навстречу и снова разбил, как год назад.
Когда же Выговский с оставшейся частью казацко-татарского войска покинул Чигирин, сюда явился переяславский полковник Тимофей Цецура, объявил себя подданным московского царя и перебил в городе всех сторонников Выговского.
В довершение ко всему, в правобережной Украине полковник Иван Богун поднял восстание против Выговского как «предателя». Серия неудач деморализовала гетмана. В сентябре он заявил, что отказывается от власти в пользу Юрия Хмельницкого, повзрослевшего на два года.
Юрию Хмельницкому уже исполнилось 18 лет, он хорошо проявил себя в крымском походе «за зипунами». Ян Выговский переслал ему гетманские регалии — бунчук и булаву — со своим братом Данилой. Данила был шурином Юрию Хмельницкому, так как был женат на родной его сестре Елене Богдановне.
5 сентября Трубецкой выступил из Путивля в левобережные города. 27 сентября он пришел к Переяславлю. Полковник Цецура со своим войском встретил его в пяти верстах от города. Жители города тоже вышли за стены города встречать московское войско. 29 сентября в Переяслав прибыл Юрий Хмельницкий. Наследующий день Юрий со старшинами явился к Трубецкому, который встретил его словами:
«Известно великому государю, что ты ему служишь и ни к каким прелестям не приставал. За твою службу великий государь тебя жалует, милостиво похваляет, и тебе бы и вперед служить верно, как служил отец твой гетман Богдан Хмельницкий».
Далее Трубецкой сказал, что царь велел казакам созвать в Переяславе раду и выбрать гетманом того, кого они хотят. 17 октября 1659 года собрались несколько сотен представителей левобережных и правобережных казаков. Преобладающее большинство высказалось в пользу Юрия Хмельницкого. Сам же Ян Выговский в октябре уехал в Польшу.
Итак, в Украине с января 1658 года началась вооруженная борьба между сторонниками и противниками унии с Речью Посполитой, в которую активно вмешалась Москва. Между тем, 15-я статья Гадячского договора гласила:
«В войне короля с Москвою казаки могут держать нейтралитет, но в случае нападения московских войск на Украину король обязан защищать ее».